厂里休息扣双倍工资，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据角度

• 根据《关于工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得随意克扣劳动者工资，除非符合法定代扣情形，如个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费/赡养费等。而休息并不属于这些法定允许扣除工资的情形。
• 同样，依据《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。但休息并未给用人单位造成经济损失，因此单位无权扣除双倍工资。

工资计算原理角度

• 员工休息时，通常应按照实际休息的天数来扣除相应比例的工资，即月工资除以月工作日数（如21.75天）来计算每日工资，再乘以休息天数进行扣除。双倍扣除工资超出了合理的扣除范围，可能损害劳动者获得劳动报酬的权利。

特殊情况下的合法性分析

• 劳动合同或公司规章制度有明确规定：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了休息扣双倍工资，并且该规定不违反法律法规（如最低工资标准、加班工资计算等），同时用人单位的扣除方式是基于合理的管理制度（例如，因员工休息导致企业遭受了额外的、可量化的经济损失，并能提供相应证据），那么这种双倍扣除方式可能会被认定为有效。但这需要满足严格的条件，包括规定的合法性、员工的知情同意以及管理制度的合理性。然而，在大多数情况下，这样的规定并不常见，且很难满足所有条件。
• 与员工协商一致：若公司因特殊原因（如经营困难）需调整工资和休息制度，并与员工进行了充分协商，且员工书面同意休息扣减双倍工资，则此做法可能合法。但这种情况同样较为罕见，且需要员工的明确同意。

应对建议

• 协商沟通：如果您遇到厂里休息扣双倍工资的情况，首先应与工厂进行协商沟通，要求按照合法的方式计算工资。
• 法律维权：若协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，也可以提起诉讼。

总结：厂里休息扣双倍工资的合法性取决于多个因素，包括劳动合同内容、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定。在大多数情况下，未经明确约定且未违反法律法规的前提下，直接扣除双倍工资是不合理且不合法的。您在遇到此类情况时，应了解自己的权益和法律规定，通过合法途径维护自己的权益。同时，工厂也应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。