逾期还款不能直接通过支付宝转账给对方公司。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同约定的还款方式

1. 依据合同条款：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，对双方均具有法律约束力。因此，还款方式应首先依据合同中的明确约定执行。
2. 实际操作：如果合同中明确规定了还款方式（如银行转账、支票等），则必须按照约定的方式进行还款。支付宝转账并非银行转账，也不等同于支票等法定支付方式，除非合同中有特别约定，否则不能直接作为还款方式。

二. 支付宝转账的法律风险

1. 证据效力：支付宝转账虽然便捷，但在法律纠纷中，其证据效力可能不如银行转账记录强。银行转账记录通常被视为更为正式和可靠的支付证据。
2. 资金安全：直接通过支付宝转账给对方公司，可能存在资金被错误划转或对方公司否认收到款项的风险。

三. 正确的还款方式

1. 遵循合同约定：如前所述，应首先遵循合同中的还款方式约定。
2. 书面确认：无论采用何种方式还款，都建议保留书面证据，如银行转账回单、对方公司的收款确认函等，以确保还款行为的法律效力和资金安全。

综上所述，逾期还款时，不能直接通过支付宝转账给对方公司。正确的做法应是遵循合同中的还款方式约定，并保留好相关书面证据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。