针对您提出的问题，即农民服刑后户口未迁出以及回来后是否有案底的问题，我将结合相关法律法规和政策为您进行详细解答。

首先，关于户口未迁出的问题。在农民服刑期间，如果其户口未被迁出，这通常不会对其服刑或后续生活产生直接影响。户口是公民身份的重要证明，与个人的法律地位、社会福利等密切相关。服刑期间，虽然公民的某些权利会受到限制，但户口本身并不会因此被注销或迁出，除非有特定的法律程序要求。因此，如果农民在服刑期间户口未迁出，回来后其户口仍然有效，无需特别处理。

接下来，关于回来后是否有案底的问题。这主要取决于农民在服刑期间是否被法院判决有罪。根据我国相关法律规定，犯罪记录是指我国国家专门机关对犯罪人员的客观记载，且这种记载必须基于人民法院的生效裁判文书。如果农民在服刑期间只是被拘留或采取其他强制措施，但并未被法院判决有罪，那么他在法律上应被视为无罪，不会留下犯罪记录。

具体来说，如果农民刑满释放后想要开具无犯罪记录证明，他可以向户籍地或居住地的公安派出所提出申请。在申请时，他需要提供个人身份证明、释放证等相关材料。如果派出所拒绝开具无犯罪记录证明，他可以向其上级公安机关或相关部门进行申诉。

此外，关于刑满释放后恢复户口的问题，根据相关政策，公民在刑满释放后可以向原籍户口登记机关申报恢复户口。申请时需要提交书面申请、释放证或人民法院的判决、裁定、决定书等材料。如果材料齐全且符合办理条件，户口登记机关将当场予以办理，并出具登记户籍信息的《居民户口簿》。

综上所述，农民服刑后户口未迁出通常不会产生问题，且如果他在服刑期间未被法院判决有罪，回来后也不会留下犯罪记录。如果需要开具无犯罪记录证明或恢复户口，他可以按照相关政策和程序进行申请。希望这些解答能够对您有所帮助。