农业银行逾期账户进账后，如希望协商退回，需先了解逾期扣款规定，再与银行积极沟通协商。
一. 分析案情与法律依据
逾期扣款规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人应当按照约定的期限返还借款。逾期未还的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。农业银行作为贷款人，有权依据贷款合同的约定，在借款人逾期还款后从其账户中扣除逾期未还的贷款金额。
- 农业银行的信用卡或贷款逾期划扣规定通常会在合同中明确，包括逾期利息的计算、逾期滞纳金的收取以及逾期还款记录的报告等。例如，农业银行信用卡逾期利息遵循日利率万分之五计算，逾期滞纳金依据最低还款额未还部分的5%计算，且逾期还款记录会被报告给中国人民银行，影响个人信用评级。
协商退回的可能性：
- 一旦资金被银行自动扣除用于偿还逾期贷款，原则上这部分资金是用于履行借款人的还款义务，难以直接协商退回。
- 但若存在特殊情况，如扣款错误或银行未能充分告知借款人扣款事宜等，借款人可与银行协商退回已扣款项。
二. 协商退回的流程与建议
及时联系银行：
- 一旦发现逾期账户进账被自动扣除，应立即联系农业银行客服，通过拨打客服热线电话或前往银行柜台进行咨询与投诉。
说明情况与提供证据：
- 向银行详细说明逾期账户进账被扣除的情况，包括扣款金额、扣款时间、账户余额等。
- 提供相关证据，如银行账单、交易记录、账户余额截图等，以证明扣款事实及账户资金情况。
协商解决方案：
- 与银行协商解决方案，如申请延期支付、调整还款计划或协商退回部分已扣款项（若存在特殊情况）。
- 在协商过程中，应充分表达自己的还款意愿和困难，同时提出合理的解决方案。
签订协议并履行：
- 若与银行达成协商退回部分款项的协议，应确保协议内容明确、合法，并严格按照协议履行还款义务。
三. 注意事项
保持沟通畅通：
- 在整个协商过程中，应保持与银行的沟通畅通，及时汇报还款进展情况，以便银行了解借款人的还款意愿和能力。
提供真实信息：
- 在协商过程中，应提供真实、准确的个人信息和财务状况，以便银行能够更全面地理解借款人的实际情况，从而制定合理的还款方案。
遵守银行规定：
- 应严格遵守银行的相关规定，如按期提交所需材料、定期还款等，以免因违反规定而影响协商结果。
四. 总结与建议
农业银行逾期账户进账后难以直接协商退回，但借款人可与银行积极沟通协商解决方案。在协商过程中，应提供充分证据、说明实际情况，并严格遵守银行规定。若协商无果，可考虑向相关监管部门投诉或寻求法律援助。
我建议您在发现逾期账户进账被扣除后，立即与银行联系并详细说明情况，以便尽快解决问题。同时，也应注意合理规划个人财务，避免再次出现逾期还款情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。