在离职5年后员工被公安机关调查时，应当优先配合公安机关的调查，而非保护商业机密。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律义务与责任

1. 配合公安机关调查的法律义务：

   • 根据我国相关法律规定，公民有义务配合公安机关的调查工作。这是每个公民应尽的法律责任，也是维护社会秩序和公共安全的重要一环。
   • 拒绝配合公安机关调查，或者提供虚假证言，可能构成妨碍公务等违法行为，将面临法律制裁。

2. 商业机密保护的法律限制：

   • 虽然商业机密受法律保护，但这种保护并非绝对。在涉及国家安全、公共利益或刑事犯罪等情况下，商业机密的保护可能受到限制。
   • 公安机关在调查刑事案件时，有权依法获取相关证据和信息，包括可能涉及商业机密的内容。

二、实际情况与应对策略

1. 离职员工与商业机密的关系：

   • 离职员工在离职后，虽然不再直接接触公司的商业机密，但可能仍对某些信息有所了解。
   • 如果公安机关因调查需要要求离职员工提供相关信息，离职员工应依法配合。

2. 如何平衡配合调查与保护商业机密：

   • 离职员工在配合公安机关调查时，可以主动说明哪些信息属于商业机密，并请求公安机关在调查过程中予以保护。
   • 公安机关在调查过程中，也应依法保护商业机密，避免不必要的泄露。

三、法律后果与风险提示

1. 拒绝配合调查的法律后果：

   • 如前所述，拒绝配合公安机关调查可能构成妨碍公务等违法行为，将面临罚款、拘留等法律制裁。
   • 在严重情况下，甚至可能构成犯罪，面临刑事处罚。

2. 泄露商业机密的法律风险：

   • 如果离职员工在配合调查过程中故意泄露商业机密，可能构成侵犯商业秘密等违法行为，将面临法律责任。
   • 因此，离职员工在配合调查时，应谨慎处理相关信息，避免不必要的泄露。

四、建议与指导

1. 积极配合公安机关调查：

   • 离职员工应认识到配合公安机关调查是法律义务，也是维护社会秩序和公共安全的重要一环。
   • 在调查过程中，应如实提供相关信息，不得隐瞒或歪曲事实。

2. 依法保护商业机密：

   • 离职员工在配合调查时，可以主动说明商业机密的情况，并请求公安机关予以保护。
   • 如果发现公安机关在调查过程中有泄露商业机密的行为，可以及时向相关部门反映并寻求法律帮助。

总结来看，在离职5年后员工被公安机关调查时，应当优先配合公安机关的调查工作。同时，也要依法保护商业机密，避免不必要的泄露。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。