民办非企业单位在注销时，其注册资金的处理需依据相关法律法规及单位章程进行，通常并不直接归属于某个特定主体，而是用于清偿债务、支付员工工资等，剩余部分可能按章程规定处理。以下是对此问题的详细分析：

一、注册资金的基本性质

民办非企业单位的注册资金，是单位设立时由举办者投入的资金，用于单位的运营和发展。这部分资金在单位存续期间属于单位所有，而非举办者个人所有。因此，在单位注销时，注册资金并不能直接返还给举办者。

二、注销时的资金处理原则

1. 清偿债务：民办非企业单位在注销前，需首先清偿所有债务。这包括但不限于供应商货款、员工工资、社保费用等。只有确保所有债务得到清偿后，才能进行后续的资金分配。

2. 支付员工工资及社保：在清偿债务的过程中，需优先支付员工的工资及社保费用。这是保障员工权益的重要体现，也是单位注销时的法定义务。

3. 剩余资金处理：在清偿完所有债务并支付完员工工资及社保后，若注册资金仍有剩余，则这部分资金的处理需依据单位章程进行。章程中可能规定了剩余资金的分配方式，如捐赠给其他公益组织、用于特定公益项目等。若章程未作规定，则可能需依据相关法律法规进行分配。

三、具体处理方式

1. 依据章程处理：若民办非企业单位的章程中明确规定了注销时剩余资金的处理方式，则应按照章程规定执行。这是单位内部自治的体现，也是保障单位运营规范性的重要手段。

2. 依法处理：若章程未作规定，或规定与法律法规相冲突，则需依据相关法律法规进行分配。这可能涉及将剩余资金捐赠给其他符合条件的公益组织，或用于特定公益项目等。

3. 审计与监督：在注销过程中，民办非企业单位需接受相关部门的审计与监督。这有助于确保资金处理的合法性与合规性，防止资金被滥用或侵占。

四、法律建议

1. 提前规划：民办非企业单位在设立时，应充分考虑注销时的资金处理问题，并在章程中作出明确规定。这有助于避免注销时的纠纷与争议。

2. 依法操作：在注销过程中，民办非企业单位需严格遵守相关法律法规及单位章程的规定，确保资金处理的合法性与合规性。

3. 寻求专业帮助：若对注销时的资金处理问题存在疑问或困惑，建议寻求专业律师或相关机构的帮助与指导。

如有任何关于民办非企业单位注销或注册资金处理的法律问题，欢迎直接向我咨询。