被告人不到案，法院将案件退回检察院后，检察院通常会采取以下处理方式：

1. 补充侦查或完善证据
   检察院会首先审查案件证据是否充分。若因被告人不到案导致关键证据缺失（如被告人供述、证人证言等），检察院可能退回公安机关补充侦查，要求补充证据材料（如监控录像、物证、电子数据等），或通过其他方式固定证据（如询问证人、调取书证）。

2. 决定是否提起公诉
   若证据已充分，即使被告人不到案，检察院仍可能依法提起公诉。根据《刑事诉讼法》第176条，检察院认为犯罪事实清楚、证据确实充分的，应向法院提起公诉。此时，法院可依法缺席审判（如贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等特定案件），或中止审理等待被告人到案。

3. 中止审理或撤销案件

   • 中止审理：若案件需被告人到庭才能继续（如涉及自首、立功等量刑情节），法院可能中止审理，待被告人到案后恢复。
     
   • 撤销案件：若证据不足或被告人死亡、逃匿等，检察院可能作出不起诉决定，或公安机关撤销案件。
     

4. 特殊情形处理

   • 缺席审判：对严重危害国家安全、恐怖活动犯罪案件，若被告人逃匿境外，检察院可申请法院缺席审判（《刑事诉讼法》第291条）。
     
   • 通缉与追捕：公安机关可能对在逃被告人发布通缉令，追捕归案后继续审理。
     

总结：案件退回检察院后，处理方式取决于证据充分性、案件性质及被告人到案可能性。检察院会综合判断是否补充侦查、提起公诉或中止程序。若您遇到具体案件，可提供细节，我将进一步分析。