刑事案件中的检查证由公安机关负责人批准。以下是详细解释：

一、法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》以及《公安机关办理刑事案件程序规定》的相关规定，公安机关在侦查刑事案件过程中，需要进行勘验、检查等活动时，应当依法办理有关手续。其中，刑事检查证是公安机关依法对犯罪嫌疑人或者有关场所进行检查的法定凭证，其批准权限明确属于公安机关负责人。

二、批准流程

1. 申请提出：公安机关侦查人员认为需要对犯罪嫌疑人或者有关场所进行检查时，应当向公安机关负责人提出申请。
2. 申请内容：申请中应说明检查的目的、对象、范围和时间等关键信息，以便公安机关负责人进行审查。
3. 审查批准：公安机关负责人接到申请后，应当依法进行审查。对于符合法律规定的申请，应当及时批准并签发刑事检查证。
4. 检查实施：侦查人员持有刑事检查证后，方可依法进行检查活动。

三、注意事项

1. 合法性：公安机关在进行刑事检查活动时，必须严格遵守法律规定的程序和权限，确保检查活动的合法性和正当性。
2. 权益保护：应当尊重被检查对象的合法权益，避免对其造成不必要的损害。例如，在检查过程中，应尽可能减少对被检查对象正常生活和工作的影响。
3. 法律责任：对于违反法律规定进行检查活动的行为，将依法追究相关人员的法律责任。这包括未经批准擅自进行检查、超出批准范围进行检查等行为。

四、实际案例与法律后果

在实际操作中，如果公安机关未依法获得批准就擅自进行检查，可能会面临证据无效、案件被撤销等严重后果。例如，在某些案件中，由于检查程序不合法，导致收集到的证据无法被法院采纳，进而影响了案件的定性和量刑。

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