控股股东擅自注销公司后，其他股东有权要求其进行赔偿，赔偿方式通常以其他股东的出资额为限或根据实际损失来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国公司法》第二十条第二款：“公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。”以及第三十七条：“股东会行使下列职权：……（九）对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议；……。对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。”控股股东未经通知召开股东会，恶意非法申请公司注销登记的行为，构成滥用股东权利，应当依法承担赔偿责任。
二、赔偿方式
以出资额为限赔偿：
- 在某些案例中，法院会酌定以其他股东的出资额为限进行赔偿。例如，控股股东未经通知小股东直接注销公司，法院最终判决控股股东按照小股东当初的出资额赔偿损失。这是因为公司被恶意注销，使得公司无法恢复到注销前的状态，且控股股东未能提供公司财产账簿、财务账册等材料，导致无法通过审计判断公司的盈亏，故法院酌定以出资额为限进行赔偿。
根据实际损失赔偿：
- 如果控股股东的擅自注销行为导致其他股东产生了实际的经济损失，如因公司注销而承担的债务、因无法参与公司清算而错失的财产分配等，其他股东有权要求控股股东根据实际损失进行赔偿。例如，某案例中，控股股东未经股东同意擅自注销公司，导致本应由公司承担的债务被直接判决由原股东承担，据此，其他股东被扣划的资金系其直接损失，其要求控股股东承担赔偿责任，于法有据。
三、赔偿流程与注意事项
收集证据：
- 其他股东在要求赔偿前，应收集相关证据，如公司注销登记材料、股东会决议（如有）、出资证明、因注销产生的实际损失证明等。
协商与诉讼：
- 其他股东可以先尝试与控股股东进行协商，要求其进行赔偿。如果协商无果，可以向法院提起诉讼，要求控股股东承担赔偿责任。
注意诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，其他股东应在知道或应当知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼。
四、特殊情况下的赔偿
- 如果公司注销时存在未了结的债务，且控股股东存在未依法清算等过错情形，如未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。此时，如果其他股东因控股股东的过错行为而承担了债务，也有权向控股股东追偿。
建议：面对控股股东擅自注销公司的情况，其他股东应保持冷静，及时收集证据，并咨询专业律师以了解自己的权利和义务。在协商无果的情况下，应果断采取法律手段维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。