结论：超市自助结账漏扫后被发现并报警，若经协商赔偿后，一般不会留下案底，但具体还需根据漏扫行为的性质、金额以及处理结果来判断。

分析：

1. 漏扫行为的性质：

   • 若漏扫行为是出于疏忽或无意，且金额较小，超市在发现后通常会选择内部解决，如要求顾客补缴费用并进行教育提醒。这种情况下，一般不会报警，更不会留下案底。
   • 若漏扫行为存在故意偷拿的嫌疑，且金额较大，达到当地关于盗窃罪的立案标准，超市则可能会选择报警。此时，若经公安机关调查认定构成犯罪，行为人可能会面临刑事处罚，从而留下案底。

2. 协商赔偿的结果：

   • 在超市报警后，若行为人能够积极配合调查，与超市协商并达成赔偿协议，且超市表示不再追究责任，那么公安机关可能会根据具体情况作出不予立案或撤销案件的决定。这种情况下，行为人通常不会留下案底。
   • 若行为人拒绝赔偿或态度恶劣，导致协商无果，且公安机关认为行为人的行为构成犯罪，那么行为人可能会面临刑事处罚，从而留下案底。

3. 法律后果的多样性：

   • 对于首次或情节较轻的漏扫行为，即使报警，行为人也可能仅面临超市的罚款或其他行政处罚，而不会留下案底。
   • 若行为人多次故意漏扫或漏扫商品价值较高，且经公安机关调查认定构成犯罪，那么行为人可能会面临刑事拘留、有期徒刑等刑事处罚，从而留下案底。

建议：

• 作为消费者，在使用超市自助结账服务时应自觉遵守商超规则，诚信购物，避免因疏忽或故意导致商品漏扫。
• 若发现漏扫情况，应积极配合超市工作人员的处理流程，如补缴费用、接受教育等，以避免不必要的法律风险。
• 若超市选择报警，行为人应积极配合公安机关的调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处理。

特殊情况说明：

• 在某些情况下，即使行为人已经与超市协商赔偿并达成协议，但若公安机关认为行为人的行为构成犯罪且需要追究刑事责任，那么行为人仍然可能面临刑事处罚并留下案底。不过，这种情况相对较少见，且通常需要经过严格的法律程序和证据审查。

总之，超市自助结账漏扫后被发现并报警，若经协商赔偿后，一般不会留下案底。但具体还需根据漏扫行为的性质、金额以及处理结果来判断。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。