企业同时违反药品管理法的两个规定时，处罚方式需根据具体违法情形、违法条款及法律适用原则来确定，通常可能面临数罪并罚或择一重处的处理方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、数罪并罚原则
若企业违反的两个药品管理法规定属于不同性质的违法行为，且各自独立构成违法要件，那么根据行政处罚的“数罪并罚”原则，监管部门可能会分别对每一项违法行为进行处罚，并将处罚结果合并执行。例如：
- 企业既存在生产劣药的行为，又存在未按规定建立药品追溯系统的行为。这两项行为分别违反了药品管理法的不同条款，且各自具有独立的违法构成要件。
- 在此情况下，监管部门可能会依据相关条款，分别对生产劣药的行为和未建立药品追溯系统的行为进行处罚，如没收违法所得、罚款等，并将两项处罚结果合并执行。
二、择一重处原则
若企业违反的两个药品管理法规定存在牵连关系或竞合关系，即一项违法行为同时触犯了多个法律条款，但基于法律适用效率和经济原则，监管部门可能会选择其中处罚较重的一个条款进行处罚，即“择一重处”。例如：
- 企业生产并销售了假药，这一行为同时违反了药品管理法中关于生产假药和销售假药的两条规定。
- 在此情况下，由于生产假药和销售假药在本质上属于同一违法行为的两个阶段，监管部门可能会选择其中处罚较重的一个条款进行处罚，而不是对两项行为分别进行处罚。
三、具体处罚措施
无论采用数罪并罚还是择一重处的原则，企业违反药品管理法规定时，都可能面临以下处罚措施：
- 没收违法所得和非法财物：监管部门有权没收企业因违法行为所获得的全部收入以及用于违法生产的原材料、设备等财物。
- 罚款：根据违法行为的性质和情节，监管部门可以对企业处以货值金额一定倍数的罚款。例如，生产、销售劣药的，可能面临货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。
- 责令停产停业整顿：对于情节严重的违法行为，监管部门可以责令企业停产停业整顿，直至吊销相关许可证。
- 吊销许可证：在极端情况下，如企业多次违法或违法行为性质特别恶劣，监管部门可以吊销其药品生产许可证、药品经营许可证等。
四、法律建议
- 及时自查自纠：企业应定期对自身的药品生产、销售行为进行自查，及时发现并纠正可能存在的违法行为。
- 加强法律培训：企业应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，避免因无知而违法。
- 积极配合调查：一旦被监管部门调查，企业应积极配合调查工作，如实提供相关证据和信息，争取从轻或减轻处罚。
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