在小额诉讼中申请将案件变更成普通诉讼的同时，是可以和反诉一起进行的。以下是对此问题的详细解析：
一、小额诉讼中反诉的权利与程序转换
反诉的权利：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，小额诉讼案件的被告是有权提出反诉的。反诉是被告基于同一法律关系或事实，向本诉的原告提出的独立反请求。
程序转换的可能性：
- 当被告提出反诉后，如果案件的事实、法律关系等变得相对复杂，或者争议标的额发生变化，导致案件不再符合小额诉讼的条件，法院有权将案件转为简易程序或普通程序进行审理。
- 这种程序转换的目的是为了确保案件能够得到公正、全面的审理，避免因程序简便而牺牲审判质量。
二、反诉与程序变更的并行性
反诉的提出时机：
- 反诉可以在诉讼的任何阶段提出，但最好在答辩过程中提出，以便法院能够及时处理并安排相应的审理程序。
- 即使在小额诉讼程序中，被告也有权在适当的时候提出反诉，这并不会因为程序简便而被剥夺。
程序变更与反诉的并行处理：
- 当被告提出反诉并导致案件需要转为普通程序时，法院会同时考虑反诉的内容和本诉的请求，进行合并审理。
- 这种并行处理的方式有助于提高审判效率，避免重复劳动和拖延审理时间。
三、实际操作中的建议
明确反诉请求：
- 被告在提出反诉时，应明确反诉的请求和事实依据，确保反诉内容符合法定条件。
准备相关证据：
- 被告应准备与反诉相关的证据材料，以便在庭审中支持自己的反诉请求。
关注程序变更通知：
- 如果法院决定将案件转为普通程序，被告应及时关注法院的通知，并按照新的程序要求参与诉讼。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果反诉成立，且与本诉的请求相互冲抵或存在其他法律关系，法院可能会在判决中一并处理，从而影响最终的审判结果。
风险提示：
- 被告在提出反诉前应充分评估反诉的可行性和风险，避免因反诉不当而导致不必要的法律后果。
- 同时，被告也应关注程序变更可能带来的审理时间延长和成本增加等问题。
总结来看，在小额诉讼中申请将案件变更成普通诉讼的同时提出反诉是可行的。但被告在行使这一权利时，应充分了解相关法律规定和程序要求，确保反诉内容合法、有效，并做好相应的准备和应对工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。