协议中明确争议先起诉再仲裁的条款，在大多数情况下是无效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律原则与规定
仲裁协议的排他性：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议具有排他性，即一旦双方约定了仲裁条款，就排除了法院对争议的管辖权。这意味着，如果协议中明确约定了仲裁作为争议解决方式，那么双方应当通过仲裁来解决争议，而不是先向法院起诉。
起诉与仲裁的冲突：
- 如果协议中同时约定了先起诉再仲裁，这种约定实际上违反了仲裁协议的排他性原则。因为一旦一方选择向法院起诉，就意味着放弃了仲裁这一争议解决方式，而仲裁条款也就因此失去了效力。
二、实际操作与后果
法院的处理方式：
- 如果一方未经仲裁直接向法院起诉，且另一方在首次开庭前未提出异议，那么法院可能会继续审理该案件。但这种情况下，仲裁条款实际上已经被视为放弃，后续无法再依约进行仲裁。
- 如果另一方在首次开庭前提交了仲裁协议并提出了异议，那么法院应当驳回起诉（除非仲裁协议无效），此时应按仲裁程序解决纠纷。
仲裁条款的失效：
- 一旦一方选择向法院起诉且另一方未在首次开庭前提出异议，仲裁条款就可能失效。这意味着，即使协议中原本约定了仲裁，但后续也无法再通过仲裁来解决争议。
三、建议与风险提示
明确争议解决方式：
- 在签订协议时，双方应当明确约定争议解决方式，避免同时约定起诉和仲裁这两种相互冲突的方式。如果希望快速、高效地解决争议，可以选择仲裁；如果希望有更充分的诉讼权利和程序保障，可以选择起诉。
注意条款表述：
- 如果确实需要在协议中约定多种争议解决方式（例如，先协商、再调解、最后仲裁或起诉），应当明确各种方式的先后顺序和条件，以及在何种情况下可以转向其他方式。但即便如此，也需要注意避免违反法律原则和规定。
及时提出异议：
- 如果一方未经仲裁直接向法院起诉，另一方应当在首次开庭前及时提出异议并提交仲裁协议。否则，可能会被视为放弃仲裁协议，导致仲裁条款失效。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份销售合同，并在合同中约定了“如发生争议，应先向法院起诉，如对法院判决不服，再申请仲裁”的条款。后来，双方因合同履行问题发生争议，甲方向法院起诉。如果乙方在首次开庭前未提出异议并提交仲裁协议，那么法院可能会继续审理该案件，而仲裁条款则因此失效。如果乙方在首次开庭前提出了异议并提交了仲裁协议，那么法院应当驳回甲方的起诉，并告知双方通过仲裁来解决争议。
综上所述，协议中明确争议先起诉再仲裁的条款在大多数情况下是无效的。在签订协议时，双方应当明确约定争议解决方式，并遵守相关法律原则和规定。如果您在签订或履行协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。