针对双方合作后期在合同理解上有争议的情况，以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 合同解释原则的应用：

   • 首先，依据合同文本的字面含义：当双方对合同条款的理解产生分歧时，应首先审查合同文本的字面含义，看是否能通过字面解释明确双方的权利义务。这是最直接、最基础的解释方法。
   • 其次，考虑合同目的和交易习惯：若字面解释无法明确，则应考虑合同的目的和交易习惯。合同目的是双方签订合同时的共同意图，而交易习惯则是在特定行业中普遍接受的、不违反法律强制性规定的做法。通过结合合同目的和交易习惯，可以更准确地解释合同条款。
   • 最后，运用诚实信用原则：在解释合同条款时，还应遵循诚实信用原则，即按照公平、合理的原则进行解释，避免对一方产生不公平的结果。

2. 协商与调解：

   • 双方协商：在出现合同理解争议时，双方应首先尝试通过友好协商的方式解决。协商过程中，双方可以充分表达自己的观点和诉求，寻求共同的利益点，以达成和解。
   • 第三方调解：若协商无果，双方可以考虑邀请第三方进行调解。调解人可以是行业专家、律师或中立的第三方机构。调解人的作用是帮助双方理清争议焦点，提出合理的解决方案，并促使双方达成调解协议。

3. 仲裁或诉讼：

   • 仲裁：若合同中约定了仲裁条款，且双方均同意通过仲裁方式解决争议，则可以将争议提交给仲裁机构进行仲裁。仲裁具有高效、专业、保密等优点，是解决合同争议的一种有效方式。
   • 诉讼：若合同中未约定仲裁条款，或双方不同意通过仲裁方式解决争议，则可以将争议提交给法院进行诉讼。在诉讼过程中，法院将依法对合同条款进行解释，并作出判决。诉讼虽然程序较为复杂，但判决具有强制执行力，能够确保争议得到最终解决。

4. 预防措施与合同管理：

   • 明确合同条款：为避免合同理解争议的发生，双方在签订合同时应尽可能明确合同条款，避免使用模糊、歧义的表述。对于关键条款，如价格、质量、交付时间等，应进行详细约定。
   • 完善合同附件：对于合同中涉及的专业术语、技术标准等，可以通过附件的形式进行详细说明。附件作为合同的组成部分，具有与合同正文同等的法律效力。
   • 加强合同管理：在合同履行过程中，双方应加强合同管理，及时沟通合同履行情况，确保合同按照约定履行。对于可能出现的问题，应提前进行预警和协商，以避免争议的发生。

在处理合同理解争议时，双方应保持冷静和理性，通过合法、合规的方式解决争议。若需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。