在交通事故中，如果认定了主次责任，保险公司的赔付方式会依据事故的具体情况和涉及的车辆类型有所不同。以下是对这一问题的详细解答：
一、交强险的赔付
交强险（机动车第三者责任强制保险）的赔付是不分主次责任的。也就是说，无论事故责任如何划分，交强险都会在其责任限额内进行赔偿。这个限额通常包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额。如果事故造成的损失超过了交强险的赔偿限额，那么超出部分就需要根据责任比例来分担了。
二、商业险的赔付
商业险的赔付则是在交强险赔偿之后进行的，它会根据保险合同的约定以及相应的责任比例来赔偿。具体来说：
机动车与非机动车驾驶人、行人之间的事故：
- 如果机动车一方负主要责任，那么它通常需要承担80%的赔偿责任（在交强险赔偿限额之外的部分）。
- 如果机动车一方负次要责任，那么它通常需要承担40%的赔偿责任。
机动车与机动车之间的事故：
- 如果一方负主要责任，那么它通常需要承担70%的赔偿责任（在交强险赔偿限额之外的部分）。
- 如果一方负次要责任，那么它通常需要承担30%的赔偿责任。
三、赔付流程
- 报案：事故发生后，当事人应及时向保险公司报案，并提供相关的事故信息和证据。
- 查勘定损：保险公司会派查勘员到现场进行查勘，并确定事故造成的损失。
- 提交索赔材料：当事人需要按照保险公司的要求提交相关的索赔材料，如事故认定书、医疗费用发票等。
- 审核赔付：保险公司会对提交的索赔材料进行审核，并在确认无误后进行赔付。
四、注意事项
- 当事人应确保提供的索赔材料真实、完整，以免影响赔付进度。
- 如果对保险公司的赔付决定有异议，当事人可以通过法律途径进行维权。
- 在处理交通事故时，当事人应遵守相关的法律法规和程序，以确保自己的权益得到保障。
综上所述，交通事故中主次责任的保险公司赔付方式主要依据交强险和商业险的赔付规则进行。在处理此类事故时，当事人应了解并遵循相关的法律法规和程序，以确保自己的权益得到妥善保障。