行政案件立案后与对方调解，是否会有案底需分情况讨论：

1. 调解成功且未进入刑事程序

• 无案底：若行政案件属于治安管理处罚范畴（如轻微纠纷、违反治安管理行为），双方达成调解协议并履行后，公安机关可能不再处罚，也不会留下违法犯罪记录（即“案底”）。
• 法律依据：根据《治安管理处罚法》第九条，对于因民间纠纷引起的打架斗殴等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经调解达成协议并履行的，不予处罚。

2. 调解成功但涉及刑事犯罪

• 可能无案底（不起诉情形）：若案件涉嫌刑事犯罪，但符合刑事和解条件（如民间纠纷引发的轻罪、过失犯罪等），且检察院作出不起诉决定，则不会留下案底。
• 法律依据：
  • 《刑事诉讼法》第二百八十八条：因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件（如侵犯公民人身权利、民主权利罪，侵犯财产罪），可能判处三年有期徒刑以下刑罚的，可以和解。
  • 《刑事诉讼法》第二百八十九条：双方和解的，公安机关、检察院、法院应审查和解的自愿性、合法性，并主持制作和解协议书。
  • 《刑事诉讼法》第二百九十条：对于达成和解协议的案件，检察院可以作出不起诉决定；法院可以依法从宽处罚。

3. 调解失败或未达成和解

• 可能留下案底：若调解未成功，案件进入刑事诉讼程序，且最终被法院判决有罪，则会留下案底。
• 例外情形：即使案件进入刑事程序，若最终因证据不足、情节轻微等原因被撤销案件、不起诉或判决无罪，则不会留下案底。

4. 关键区分点：行政案件 vs 刑事案件

• 行政案件：通常指违反行政管理法规的行为（如治安管理处罚），调解成功后一般无案底。
• 刑事案件：涉及犯罪行为，调解成功后可能因不起诉而无案底，但若进入诉讼程序并被判决有罪，则会留下案底。

法律建议

1. 明确案件性质：首先需确认案件是行政案件还是刑事案件。行政案件调解成功后通常无案底；刑事案件则需进一步分析是否符合和解条件。
2. 积极促成和解：若案件涉嫌刑事犯罪，且符合和解条件，建议积极与对方沟通，争取达成和解协议，以争取不起诉或从宽处理。
3. 保留证据：无论调解成功与否，均应保留相关证据（如调解协议、付款凭证等），以备后续需要。

总结：行政案件立案后与对方调解，是否留下案底取决于案件性质（行政/刑事）及调解结果。行政案件调解成功后一般无案底；刑事案件若符合和解条件且检察院不起诉，则无案底；若调解失败或进入诉讼程序并被判决有罪，则会留下案底。如有具体案件，可进一步向我咨询。