公司限制员工劳动仲裁的协议是无效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律原则角度

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者享有依法维护自身合法权益的权利，包括通过劳动仲裁途径解决劳动争议。公司限制员工劳动仲裁的协议，实际上是对劳动者这一法定权利的剥夺，违反了法律的基本原则和精神。

二、协议内容合法性角度

1. 违反强制性规定：劳动仲裁是法律赋予劳动者的权利，任何试图通过协议方式剥夺或限制这一权利的条款，都因违反法律的强制性规定而无效。
2. 显失公平：此类协议往往只考虑公司的利益，而忽视了劳动者的合法权益，导致双方权利义务严重失衡，符合显失公平的情形，因此也应被认定为无效。

三、实际案例与司法实践角度

在司法实践中，法院或劳动仲裁机构在审理涉及此类协议的劳动争议案件时，通常会认定限制员工劳动仲裁的协议无效。这是因为，法律保护劳动者的合法权益，不允许通过任何形式（包括协议）来剥夺或限制劳动者的法定权利。

四、法律后果与风险提示

1. 协议无效：一旦此类协议被认定为无效，那么协议中关于限制员工劳动仲裁的条款将不具有法律效力，员工仍然有权依法申请劳动仲裁。
2. 公司可能面临的法律责任：如果公司因员工申请劳动仲裁而对其进行打击报复或采取其他不利措施，那么公司可能面临法律责任，包括但不限于赔偿员工损失、承担行政责任等。

五、建议与措施

1. 对于员工：如果遇到公司要求签订限制劳动仲裁的协议，应坚决拒绝，并保留好相关证据。如果公司因此对自己进行不利处理，可以依法申请劳动仲裁或向法院提起诉讼。
2. 对于公司：应尊重劳动者的法定权利，不要试图通过协议方式剥夺或限制劳动者的劳动仲裁权利。否则，不仅可能面临法律责任，还可能损害公司的声誉和形象。

如有任何关于劳动仲裁或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答和建议。