在委托加工过程中，如果受托方发现委托方冒用了商品条码，受托方应当采取以下措施来妥善处理这一问题：

一、立即停止相关生产与销售活动

一旦发现委托方冒用了商品条码，受托方应立即停止涉及该商品条码的所有生产与销售活动，以防止问题商品进一步流入市场，造成更大的法律风险和市场混乱。

二、与委托方进行沟通

1. 核实情况：首先，受托方应与委托方进行沟通，核实商品条码的使用情况，确认是否存在冒用行为。
2. 要求整改：如果确认存在冒用行为，受托方应要求委托方立即停止使用该商品条码，并更换为合法注册的商品条码。
3. 协商解决方案：双方应协商制定解决方案，包括如何处理已生产但未销售的商品、如何赔偿因冒用行为给受托方带来的损失等。

三、配合市场监管部门的调查

1. 提供证据：如果市场监管部门介入调查，受托方应积极配合，提供与委托加工相关的合同、生产记录、销售记录等证据材料。
2. 如实陈述：在接受市场监管部门的询问时，受托方应如实陈述事实，不得隐瞒或歪曲真相。

四、加强内部管理

1. 完善合同条款：在未来的委托加工合同中，受托方应明确约定商品条码的使用责任，要求委托方提供合法注册的商品条码，并承担因冒用行为给受托方带来的损失。
2. 建立审核机制：受托方应建立商品条码的审核机制，对委托方提供的商品条码进行核实和登记，确保使用的商品条码合法有效。
3. 加强员工培训：受托方应加强对员工的培训，提高员工对商品条码管理的认识，防止因员工疏忽或无知导致的冒用行为。

五、法律后果与应对

1. 了解法律后果：根据《商品条码管理办法》的相关规定，未经核准注册使用厂商识别代码和相应商品条码的，或者在商品包装上使用其他条码冒充商品条码或伪造商品条码的，将面临责令改正和罚款等法律后果。
2. 积极应对处罚：如果受托方因委托方的冒用行为而受到处罚，应积极应对，按照处罚决定的要求进行整改和缴纳罚款。同时，受托方可以依法向委托方追偿因处罚而产生的损失。

六、案例参考与警示

从提供的案例中可以看出，市场监管部门对商品条码的冒用行为持严厉打击态度。受托方应从中吸取教训，加强内部管理，确保使用的商品条码合法有效，避免因委托方的冒用行为而受到牵连和处罚。

综上所述，受托方在发现委托方冒用商品条码时，应立即停止相关生产与销售活动，与委托方进行沟通并要求整改，配合市场监管部门的调查，加强内部管理以防止类似问题再次发生，并了解法律后果以积极应对可能的处罚。