关于您提出的“放弃一次性就业补助金协议是否有效”的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规来进行综合判断。
首先，我们要明确的是，一次性就业补助金（在工伤情况下通常称为一次性伤残就业补助金）是劳动者在特定情况下（如工伤、合同解除等）依法应享有的权益。这种权益的放弃，并非可以随意通过协议来剥夺。
从法律角度来看，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第三十五条的规定，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，如果不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。但是，如果协议存在重大误解或者显失公平情形，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。
在您提到的情境中，如果劳动者与用人单位签订了放弃一次性就业补助金的协议，我们需要考虑以下几点：
协议签订过程是否平等自愿：如果协议是由用人单位单方制作后交由劳动者签字，且劳动者在签订时处于相对弱势地位（如文化程度低、缺乏劳动法律相关知识和经验），那么该协议可能并非完全平等自愿。
协议内容是否显失公平：一次性就业补助金是劳动者的基本权利，也是用人单位的法定义务。如果协议内容使得劳动者失去了其应享有的权益，而用人单位却因此免除了其法定义务，那么该协议可能显失公平。
是否存在欺诈、胁迫或乘人之危情形：如果用人单位在签订协议时存在欺诈、胁迫或乘人之危的行为，那么该协议可能无效。
结合具体案例来看，如果劳动者在签订放弃一次性就业补助金的协议后，申请了劳动仲裁并请求用人单位支付该补助金，且法院最终判决用人单位应支付该补助金，那么这通常意味着法院认为该协议存在显失公平或其他违法情形，因此不予支持。
综上所述，放弃一次性就业补助金的协议并非绝对有效。其有效性取决于协议签订过程是否平等自愿、协议内容是否显失公平以及是否存在欺诈、胁迫或乘人之危情形。如果协议存在上述违法情形之一，那么劳动者有权请求撤销该协议并要求用人单位支付其应享有的权益。