针对您提出的“检察院不予起诉的案件学校如何处理”这一问题，我会结合相关法律法规及实际案例，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，检察院不予起诉的案件，通常意味着该案件中的行为人不构成犯罪，或者犯罪情节轻微，依照《刑法》规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。在这种情况下，司法机关将不再追究其刑事责任。但这并不意味着学校对此类事件可以置之不理，学校仍需根据自身规章制度和相关法律法规，对涉事学生进行相应的处理。

一、学校处理的基本原则

1. 依法依规处理：学校应依据国家法律法规、教育部门规章以及学校自身的规章制度，对涉事学生进行公正、公平的处理。

2. 保护学生权益：在处理过程中，学校应充分尊重和保护学生的合法权益，避免对学生造成不必要的伤害。

3. 教育为主，惩戒为辅：学校应坚持教育为主的原则，通过批评教育、心理辅导等方式，帮助学生认识错误，改正行为。

二、学校可能采取的处理措施

1. 内部调查与核实：学校在收到检察院不予起诉的决定书后，应首先进行内部调查，核实涉事学生的行为是否违反了学校的规章制度。

2. 纪律处分：如果涉事学生的行为确实违反了学校的规章制度，学校可以根据情节轻重，给予相应的纪律处分，如警告、严重警告、记过、留校察看或开除学籍等。但需要注意的是，由于检察院已经作出不予起诉的决定，学校在给予纪律处分时应更加谨慎，避免过度惩戒。

3. 心理辅导与教育：对于涉事学生，学校应提供必要的心理辅导和教育，帮助他们认识错误，树立正确的价值观和行为准则。这可以通过个别谈话、集体教育、心理咨询等方式进行。

4. 家校合作：学校应与涉事学生的家长保持密切沟通，共同关注学生的成长和变化。家长应积极配合学校的教育工作，共同引导学生走向正轨。

三、实际案例参考

以您提供的案例为例，樊某某作为在校大学生，因涉嫌掩饰、隐瞒犯罪所得罪被移送检察机关审查起诉。但鉴于其认罪认罚、系犯罪未遂、未造成经济损失且系初犯，犯罪情节轻微，检察院最终作出了不起诉的决定。在这种情况下，学校可能会采取以下措施：

• 对樊某某进行内部调查，核实其是否违反了学校的规章制度。
• 如果樊某某的行为确实违反了学校规定，学校可能会给予其相应的纪律处分，但处分力度会相对较轻，以体现教育为主的原则。
• 学校会为樊某某提供心理辅导和教育，帮助她认识错误，改正行为。
• 学校会与樊某某的家长保持沟通，共同关注她的成长和变化。

四、注意事项

• 学校在处理此类事件时，应确保处理程序的公正性和透明性，避免引发不必要的争议。
• 学校应尊重检察院的决定，不得擅自对涉事学生进行刑事追责或采取其他非法手段。
• 学校应加强对学生的法治教育和安全教育，提高学生的法律意识和自我保护能力。

综上所述，检察院不予起诉的案件，学校应根据自身规章制度和相关法律法规，对涉事学生进行公正、公平的处理。在处理过程中，学校应坚持教育为主的原则，通过批评教育、心理辅导等方式，帮助学生认识错误，改正行为。同时，学校也应与家长保持密切沟通，共同关注学生的成长和变化。