结论：副村长未及时上交村集体承包款，两年后补交的行为是否违法，需结合具体情况判断，但通常涉及挪用资金或职务侵占的嫌疑，补交行为本身不直接消除违法性。

一、法律定性分析

1. 挪用资金罪的可能性：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利，挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，构成挪用资金罪。
   • 若副村长作为村集体经济组织成员，利用职务便利挪用承包款，且数额较大、超过三个月未还，则可能触犯此罪。补交行为虽可减轻损害后果，但不影响犯罪构成。

2. 职务侵占罪的可能性：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
   • 若副村长将承包款非法占为己有，且数额较大，则可能触犯此罪。补交行为同样不直接消除违法性，但可能作为量刑情节考虑。

二、具体情节分析

1. 挪用目的与时间：

   • 若副村长挪用承包款用于个人消费或投资，且超过三个月未还，则更可能构成挪用资金罪。
   • 若挪用时间较短，或用于村集体事务但未及时报账，则可能不构成犯罪，但违反财务管理规定。

2. 数额大小：

   • 挪用资金罪和职务侵占罪均要求数额较大。具体数额标准可能因地区而异，需参照当地司法解释。
   • 若挪用数额较小，可能不构成犯罪，但可能受到行政处分或纪律处分。

3. 补交行为的影响：

   • 补交行为表明副村长有悔改表现，可能作为量刑时的从轻情节。
   • 但补交行为本身不直接消除违法性，即不改变已经构成的犯罪事实。

三、法律建议

1. 及时报案与调查：

   • 若发现副村长有挪用或侵占村集体资金的行为，应及时向公安机关报案，并配合调查。
   • 公安机关将根据调查结果决定是否立案侦查，并依法追究刑事责任。

2. 完善财务管理制度：

   • 村集体应建立健全财务管理制度，明确资金使用流程和审批权限。
   • 定期对账目进行审计和公开，确保资金使用的透明度和合规性。

3. 加强监督与教育：

   • 加强对村干部的监督和管理，定期开展廉政教育和法制培训。
   • 提高村干部的法律意识和纪律观念，防止类似事件再次发生。

四、可能的法律后果

1. 刑事责任：

   • 若构成挪用资金罪或职务侵占罪，副村长可能面临有期徒刑、拘役或罚金的处罚。

2. 行政处分与纪律处分：

   • 若不构成犯罪，但违反财务管理规定或纪律要求，副村长可能受到行政处分或纪律处分，如警告、记过、降职等。

3. 民事赔偿责任：

   • 若副村长的行为给村集体造成经济损失，还应承担相应的民事赔偿责任。

总结：副村长未及时上交村集体承包款，两年后补交的行为是否违法，需结合挪用目的、时间、数额等具体情节判断。通常涉及挪用资金或职务侵占的嫌疑，补交行为本身不直接消除违法性。建议及时报案与调查，完善财务管理制度，并加强监督与教育。如有具体法律问题，可直接向我咨询。