已经协商好了分期还款，期间自动扣的款通常算作分期的款项。以下是对此问题的详细分析：
一. 自动扣款与分期还款的关系
自动扣款作为还款方式：
- 当借款人与贷款机构（如银行、消费金融公司等）协商好分期还款后，通常会约定一种或多种还款方式，其中自动扣款是一种常见的还款方式。这种方式通过借款人授权贷款机构从其银行账户中自动扣除每期应还款项，以简化还款流程并减少逾期风险。
自动扣款的有效性：
- 只要借款人在签订贷款合同时同意了自动扣款条款，并且该条款符合相关法律法规的规定，那么贷款机构在约定的时间内从借款人账户中自动扣款就是合法有效的。这些扣款通常会被视为借款人按照分期还款协议进行的正常还款。
二. 自动扣款与分期还款的具体应用
分期乐等平台的实践：
- 以分期乐为例，当用户逾期未还款时，分期乐会进行催收代扣，即自动从用户指定的银行账户中扣款以补偿逾期的金额。这种代扣行为是基于用户与分期乐之间达成的分期还款协议，因此催收代扣算作还款的一部分。
其他贷款机构的类似操作：
- 类似地，其他贷款机构在借款人逾期或按照分期还款协议进行扣款时，也会采取自动扣款的方式。只要扣款行为符合合同约定和法律法规规定，这些扣款就应当被视为借款人按照分期还款计划进行的正常还款。
三. 法律保障与借款人权益
合同法的保护：
- 根据《合同法》的相关规定，当事人在订立、履行合同期间应遵循诚实信用原则、合同自愿原则和平等原则。借款人与贷款机构之间的分期还款协议是双方自愿达成的法律文件，具有法律效力。贷款机构在按照协议进行自动扣款时，应当确保扣款行为的合法性并遵守相关法律法规的规定。
借款人权益的保护：
- 借款人在签订贷款合同时应仔细阅读合同条款并了解自动扣款等还款方式的具体规定。如果借款人对扣款行为有异议或认为贷款机构存在违规操作，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，已经协商好了分期还款，期间自动扣的款通常算作分期的款项。这是基于借款人与贷款机构之间达成的分期还款协议以及相关法律法规的规定。如果借款人对扣款行为有任何疑问或异议，建议及时与贷款机构沟通并咨询专业法律意见。