独立公司在有其他公司参股且未退股的情况下，不可以直接单独注销。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律程序角度

1. 公司注销的法定程序：

   • 根据《公司法》及相关规定，公司注销需要经过清算程序，包括成立清算组、通知债权人、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案等步骤。
   • 在清算过程中，需要处理公司的债权债务关系，包括与其他公司的股权关系。如果公司参股了其他公司，这部分股权也是公司资产的一部分，需要在清算过程中进行妥善处理。

2. 参股股权的处理：

   • 如果公司未退股而直接注销，那么参股的股权将如何处理？这可能导致股权归属不明，引发法律纠纷。
   • 正确的做法是在注销前，通过股权转让、减资或其他合法方式处理参股股权，确保公司资产的完整性和清算的顺利进行。

二、债权人利益保护角度

1. 债权人权益：

   • 公司注销可能影响债权人的利益。如果公司参股了其他公司，这部分股权可能构成公司的资产，对债权人的债权实现有重要影响。
   • 如果公司未退股而直接注销，债权人可能无法充分了解公司的资产状况，从而影响其债权的实现。

2. 清算义务：

   • 根据法律规定，公司清算时，清算组有义务清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并通知债权人申报债权。
   • 如果公司参股了其他公司，清算组需要确保这部分股权得到妥善处理，以保护债权人的利益。

三、实际操作角度

1. 工商注销要求：

   • 在实际操作中，工商行政管理部门在办理公司注销登记时，会要求公司提供清算报告等文件，以证明公司已经完成了清算程序。
   • 如果公司参股了其他公司且未退股，工商行政管理部门可能会要求公司提供关于参股股权的处理证明，否则可能不予办理注销登记。

2. 法律风险：

   • 如果公司未退股而直接注销，可能面临法律风险。例如，其他股东或债权人可能提起诉讼，要求公司承担未清算的债务或赔偿损失。
   • 此外，公司法定代表人或相关责任人员也可能因未履行清算义务而承担法律责任。

建议与措施

1. 提前规划：

   • 如果公司计划注销且参股了其他公司，应提前规划参股股权的处理方式，如通过股权转让、减资等方式退出参股。

2. 依法清算：

   • 在注销前，应依法成立清算组，进行清算程序，确保公司资产的完整性和清算的顺利进行。

3. 咨询专业律师：

   • 在处理公司注销和参股股权问题时，建议咨询专业律师，以确保操作合法合规，避免法律风险。

综上所述，独立公司在有其他公司参股且未退股的情况下，不可以直接单独注销。公司应依法进行清算程序，妥善处理参股股权，以保护债权人利益和避免法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。