公司注销后仍在经营，是可以起诉的，但需根据具体情况确定被告并准备相应的证据材料。以下是从不同角度的详细分析：
一、确定被告
若公司未经依法清算即办理注销登记：
- 根据相关法律法规，此时可以将公司的股东、发起人或者出资人作为被告。他们需要在公司财产范围内对公司债务承担清偿责任。这是因为股东等在公司注销过程中可能存在未依法清算等过错行为，导致公司无法进行正常清算，从而损害了债权人的利益。
若公司注销前依法进行清算，但未按规定通知债权人：
- 债权人可以向清算组成员起诉，要求其承担赔偿责任。清算组有通知债权人申报债权的法定义务，未履行该义务给债权人造成损失的，应承担赔偿责任。
若公司未经依法清算注销且有人承诺担责：
- 股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任的，债权人可以主张其对公司债务承担相应民事责任。
二、准备证据
- 在起诉前，需要准备好充分的证据材料，以证明与公司存在业务往来、权益受损等相关的纠纷事实。这些证据可以包括合同、交易记录、沟通凭证、债权凭证等。证据的充分性和真实性对于诉讼的成功至关重要。
三、撰写起诉状并确定管辖法院
- 起诉状应明确诉讼请求（如要求对方承担违约责任、赔偿损失等）、事实与理由，并写明原告和被告的基本信息。
- 根据具体情况，按照法律规定确定有管辖权的法院。一般来说，可以选择被告住所地或者合同履行地等与纠纷有密切联系的地点作为管辖法院。
四、提起诉讼并参与诉讼程序
- 向有管辖权的法院提交起诉状及证据等材料，并按法院要求缴纳诉讼费。
- 等待法院受理和审理。在诉讼过程中，要密切关注法院的通知和要求，积极配合诉讼程序，如按时参加庭审、举证质证等。
五、可能的法律后果
- 如果起诉成功，法院可能会判决被告承担相应的民事责任，如赔偿损失、履行合同等。
- 如果被告不履行法院判决，原告可以申请强制执行，通过法律手段维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司未经依法清算即办理了注销登记，但仍在继续经营。债权人发现后，可以收集与该公司签订的合同、交易记录等证据材料，将公司的股东作为被告向法院提起诉讼。在诉讼过程中，债权人需要按照法院的要求及时举证、参加庭审等。如果法院最终判决股东承担清偿责任，而股东不履行判决，债权人可以申请强制执行股东的财产。
特别提醒：不同案件情况各异，应依据实际情形准确适用法律程序和规则。在起诉前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的解答。