民办非企业性质的医院抽逃注册资金，应当由登记机关责令改正，并可能面临罚款、没收违法所得，甚至撤销登记等处罚。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《民办非企业单位登记管理暂行条例》第二十五条：民办非企业单位有下列情形之一的，由登记机关责令改正，可以处以1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，予以撤销登记；构成犯罪的，依法追究刑事责任：

   • （一）在申请登记时弄虚作假，骗取登记的；
   • （二）业务活动超出本章程规定的宗旨和业务范围的；
   • （三）拒不接受或者不按照规定接受监督检查的；
   • （四）不按照规定办理变更登记的；
   • （五）设立分支机构的；
   • （六）从事营利性的经营活动的；
   • （七）侵占、私分、挪用民办非企业单位的资产或者所接受的捐赠、资助的；
   • （八）违反国家有关规定收取费用、筹集资金或者接受使用捐赠、资助的。

2. 《中华人民共和国民法典》第八十七条：为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。非营利法人包括事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等。民办非企业性质的医院属于非营利法人，其注册资金应当用于医院的运营和发展，不得抽逃。

二. 处理措施

1. 责令改正：登记机关在发现民办非企业性质的医院存在抽逃注册资金的行为时，首先会责令其改正，即要求医院将抽逃的资金补回。

2. 罚款：根据情节轻重，登记机关可以对医院处以1万元以上10万元以下的罚款。

3. 没收违法所得：如果医院通过抽逃注册资金获得了违法所得，登记机关将予以没收。

4. 撤销登记：在情节严重的情况下，登记机关可以撤销医院的登记，即取消其民办非企业单位的资格。

5. 追究刑事责任：如果抽逃注册资金的行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。

三. 实际影响

• 抽逃注册资金不仅违反了法律法规，也损害了医院的信誉和公信力。对于民办非企业性质的医院来说，信誉和公信力是其生存和发展的基础。因此，医院应当严格遵守相关法律法规，确保注册资金的合法使用。

我建议，民办非企业性质的医院应当加强内部管理，确保注册资金的合法使用，避免抽逃注册资金的行为发生。同时，登记机关也应当加强对民办非企业单位的监管力度，及时发现和处理违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。