两方在三方合同中签订的补充协议，其效力并非绝对有效或无效，而是需根据具体情况进行细致分析。以下是对该问题的全面梳理与解读：

效力判定原则

1. 三方共同意思表示原则：

   • 三方合同涉及三方主体，合同的订立、变更等通常需要三方共同的意思表示一致。若只有两方签订补充协议，改变了原合同内容，未经第三方同意，该补充协议原则上不能对第三方产生约束力。

2. 第三方追认原则：

   • 如第三方知晓并明确表示认可补充协议内容，无论通过书面、口头还是其他积极行为，该补充协议即对三方均有效。例如，在三方合作开发项目中，两方就项目进度安排达成补充协议，第三方知悉后表示同意，则补充协议有效。

3. 不损害第三方利益原则：

   • 补充协议内容若不影响第三方权益，不改变其权利义务关系，且内容合法，则该补充协议在两方之间有效，无需第三方同意。例如，在三方技术服务合同中，两方针对服务费用结算账户进行补充约定，不影响第三方权益，则此补充协议有效。

4. 双方真实意思表示原则：

   • 补充协议的签订应基于双方自愿，确保表达的是真实意思，无欺诈、胁迫等不良情况。

具体情形分析

1. 得到第三方追认：

   • 在这种情况下，补充协议对三方均产生法律效力。例如，在三方房屋租赁合同中，若甲、乙两方就租金支付方式达成补充协议，且丙方知悉并表示同意，则此补充协议对三方均有效。

2. 未得到第三方追认：

   • 若补充协议内容涉及第三方权益的变更，且未得到第三方同意，则该补充协议仅对签订的两方有约束力，对第三方不产生法律效力。例如，在三方股权转让合同中，若甲、乙两方擅自就股权转让价格及付款方式达成补充协议，而丙方不知情也未同意，则此补充协议仅对甲、乙有约束作用。

3. 补充协议不涉及第三方权益：

   • 若补充协议内容仅涉及两方之间的权益调整，且不影响第三方权益，则该补充协议在两方之间有效。例如，在三方合作经营合同中，两方就合作期间的费用分摊方式达成补充协议，不影响第三方权益，则此补充协议有效。

4. 内容合法且不损害第三方利益：

   • 若补充协议内容合法，且不损害第三方利益，即使未得到第三方明确同意，也可能在两方之间产生法律效力。但需注意，若补充协议内容实质性影响了第三方的权益，则可能面临效力争议。

签订补充协议的注意事项

1. 采用书面形式：

   • 为确保补充协议的法律效力和证据效力，建议采用书面形式签订补充协议，并明确列出补充事项、具体条款、生效条件及期限等。

2. 不与原合同冲突：

   • 补充协议的内容应与原合同保持一致，避免产生冲突。如补充协议与原合同冲突，以补充协议为准，但需注意，此原则需在遵循上述效力判定原则的前提下适用。

3. 考虑第三方权益：

   • 在签订补充协议时，应充分考虑第三方的权益，避免损害其利益。如涉及第三方权益的变更，应事先征得其同意。

在实际操作中，两方在三方合同中签订补充协议时，应谨慎评估并遵循相关法律法规，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。