公司扣发绩效工资是否合法，取决于多个因素，包括绩效考核制度的合法性、扣除的合理性以及扣除后工资是否低于最低工资标准等。

一. 合法情况

1. 绩效考核制度合法且明确：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣减情形，并且这些制度经过了民主程序制定，已向员工公示或告知，那么公司在员工绩效不达标时扣发绩效工资是合法的。例如，公司规定每月销售业绩达到一定金额才能全额拿到绩效工资，员工未达到该业绩要求，公司根据制度扣减相应绩效工资，这种做法是合法的。

2. 经济损失赔偿合法：当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

二. 不合法情况

1. 绩效考核制度不合法或不明确：如果公司没有明确的绩效考核制度，或者制度本身不合法，未经过民主程序制定，考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣发工资是违法的。

2. 无正当理由随意扣发：公司无正当理由随意扣发员工的绩效工资，或以绩效之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。

3. 扣除后工资低于最低工资标准：即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线。

我建议，员工在遇到扣发绩效工资的情况时，应首先与用人单位沟通协商，了解扣发的具体原因和依据。如果认为扣发不合法，可以向当地劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应确保绩效考核制度的合法性和合理性，避免引发不必要的劳动纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。