针对您提出的“自查虚开发票怎么处理”的问题，我将从法律后果、自查流程、以及后续处理建议三个方面进行详细解答。

一、法律后果

首先，需要明确的是，虚开发票是一种严重的违法行为，根据《全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》以及《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票将面临严厉的法律制裁。具体来说：

• 虚开增值税专用发票的，根据虚开税款数额的大小和情节的严重程度，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处没收财产。
• 对于虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，同样依照上述规定处罚。

二、自查流程

如果您在自查过程中发现存在虚开发票的情况，建议按照以下流程进行处理：

1. 立即停止虚开行为：首先，必须立即停止所有虚开发票的行为，防止问题进一步扩大。

2. 整理相关证据：收集并整理与虚开发票相关的所有证据，包括发票原件、交易记录、合同等，以便后续向税务机关说明情况。

3. 主动向税务机关报告：携带整理好的证据，主动向当地税务机关报告虚开发票的情况，并说明自查过程中发现的问题和整改措施。

4. 配合税务机关调查：在税务机关进行调查时，应积极配合，提供必要的协助和信息。

三、后续处理建议

1. 接受税务机关处罚：根据税务机关的调查结果，接受相应的行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。

2. 整改并规范财务管理：针对自查中发现的问题，进行彻底的整改，并规范公司的财务管理制度，确保今后不再发生类似问题。

3. 加强内部培训：对公司员工进行税务法规和财务管理方面的培训，提高员工的法律意识和合规意识。

4. 寻求专业咨询：如果对税务处理或法律后果存在疑问，可以寻求专业的税务咨询或法律咨询，以确保公司的合法权益得到保障。

总之，自查发现虚开发票的情况后，应立即停止虚开行为，主动向税务机关报告，并配合调查。同时，接受税务机关的处罚，进行彻底的整改，并加强内部管理和培训，以防止类似问题再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。