市场监管部门对公安机关的回函，在符合法定条件与程序的情况下，可以作为认定假药的依据之一，但并非唯一或决定性依据。以下从不同角度进行详细分析：
一、回函作为证据的合法性与有效性
证据的合法性：
- 根据《市场监督管理行政处罚程序规定》第二十三条第二款，移送机关依职权调查收集的证据材料，可以作为案件的证据使用。这意味着，如果公安机关在调查过程中依法收集了相关证据，并形成了回函，该回函在合法性上是得到认可的。
- 同时，该规定第三款也强调，证据应当符合法律、法规、规章关于证据的规定，并经查证属实，才能作为认定案件事实的根据。因此，回函作为证据，必须经过市场监管部门的查证属实，确保其真实性和合法性。
证据的有效性：
- 回函的有效性取决于其内容是否真实、准确，以及是否能够直接或间接证明假药的存在。例如，如果回函中明确指出了某药品为假药，并提供了相应的检验报告或专家意见作为支撑，那么该回函在有效性上就是较高的。
- 然而，如果回函内容模糊、缺乏具体证据支撑，或者与案件事实无直接关联，那么其有效性就会大打折扣。
二、回函在认定假药中的具体作用
作为直接证据：
- 在某些情况下，如果回函中直接指出了某药品为假药，并且该结论是基于合法的检验报告或专家意见得出的，那么该回函可以作为认定假药的直接证据。
- 例如，在湖北某市公安机关破获的涉及食品药品的刑事犯罪案件中，辽宁省药品监管局给某市城区公安分局的复函就标明了随函所附药品不是正品生产，这在一定程度上为市场监管部门认定假药提供了直接证据。
作为间接证据：
- 在更多情况下，回函可能并不直接指出某药品为假药，而是提供了与案件事实相关的其他信息，如药品的来源、销售情况等。这些信息虽然不能直接证明假药的存在，但可以为市场监管部门提供线索和依据，帮助其进一步调查和认定。
- 例如，在上述案例中，县公安机关的起诉意见书虽然并未直接认定当事人销售假药，但其中提到的当事人涉嫌销售假药的起诉意见等，仍然为市场监管部门认定当事人的违法行为提供了间接证据。
三、回函认定假药的限制与注意事项
检验检测的必要性：
- 根据《药品管理法》第一百二十一条的规定，对假药、劣药的处罚决定，应当依法载明药品检验机构的质量检验结论。这意味着，在大多数情况下，仅仅依靠回函是不足以认定假药的，还需要有药品检验机构的质量检验结论作为支撑。
- 特别是对于涉及药品成分、质量等关键问题的认定，必须依靠专业的检验检测机构进行客观、准确的检测和分析。
证据的审查与认定：
- 市场监管部门在接受其他部门移送案件后，应该对移送的证据进行审慎审查。这包括审查移送部门是否具有执法主体资格、执法人员是否具有执法资格、证据取得方式是否合法等。
- 对于回函作为证据，市场监管部门还应该就其内容是否真实、准确，以及是否能够直接或间接证明假药的存在进行仔细分析和判断。
综合证据的运用：
- 在认定假药的过程中，市场监管部门应该综合运用各种证据，包括回函、检验报告、专家意见、证人证言等，形成相对完善的证据链来证明待证事实。
- 仅仅依靠单一的证据是不够的，必须确保各种证据之间能够相互印证、形成合力，才能提高认定假药的准确性和可靠性。
建议：在实际操作中，市场监管部门应该加强与公安机关的沟通与协作，确保回函等移送证据的真实性和合法性；同时，还应该加强自身的证据审查与认定能力，提高认定假药的准确性和效率。如果您在市场监管或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。