代理机构在废标后，有义务将废标原因告知所有投标人，但并未明确规定必须通过主动打电话的方式告知。以下是对此问题的详细分析：

法律依据

根据《政府采购法》第三十六条的规定，在招标采购中，若出现符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家、出现影响采购公正的违法违规行为、投标人的报价均超过了采购预算且采购人不能支付、或因重大变故采购任务取消等情形，应予废标。废标后，采购人（或代理机构）应当将废标理由通知所有投标人。这一规定明确了废标后通知投标人的义务，但并未具体规定通知的方式。

通知方式

1. 书面通知：虽然法律未明确规定通知方式，但书面通知是一种常见且稳妥的方式。它能够确保通知内容的准确性和可追溯性，避免因口头传达可能产生的误解或遗漏。

2. 电话通知：虽然法律未明确要求必须通过电话通知，但在实际操作中，电话通知可以作为一种补充方式，用于快速传达废标信息。然而，电话通知可能存在信息传达不准确、无法留存证据等问题，因此，如果选择电话通知，建议后续以书面形式进行确认。

3. 其他方式：除了书面和电话通知外，还可以考虑通过电子邮件、短信等电子方式通知投标人。这些方式同样具有快速、便捷的特点，但同样需要注意信息的准确性和可追溯性。

法律建议

1. 明确通知义务：代理机构应充分认识到废标后通知投标人的义务，确保所有投标人都能及时了解到废标原因。

2. 选择合适的通知方式：根据实际情况和投标人的需求，选择合适的通知方式。如果可能的话，建议采用书面通知作为主要方式，以确保信息的准确性和可追溯性。

3. 保留通知证据：无论采用哪种通知方式，都应保留好通知的证据，如书面通知的签收记录、电话通知的录音或短信、电子邮件的发送记录等。这些证据在后续可能出现的争议中具有重要的证明作用。

4. 及时沟通与解释：在通知废标原因的同时，代理机构还可以与投标人进行进一步的沟通与解释，以消除投标人的疑虑和不满情绪。

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