针对您提出的“运输车停运损失费是司机承担还是保险公司承担”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，停运损失费通常不由保险公司直接承担，而是根据法律规定和实际情况，由侵权人（即造成事故的一方）进行赔偿。这一结论主要基于以下几点分析：

一、法律条款与保险条款规定

1. 交强险：

   • 根据《机动车交通事故责任强制保险条款》，被保险机动车发生交通事故导致的受害人停业、停驶等间接损失，不在交强险的赔付范围内。停运损失作为间接损失的一种，因此不被交强险覆盖。

2. 商业三者险：

   • 参照《中国保险行业协会机动车综合商业保险示范条款》，被保险机动车发生意外事故致使的任何单位或个人停业、停驶等损失，保险人通常不负责赔偿。然而，商业三者险的具体赔偿范围可能因不同保险公司的合同条款而有所差异。有些保险合同可能未明确将停运损失排除在外，或特别约定承保了间接损失，在这种情况下，保险公司需按合同约定承担停运损失费。但这种情况相对较少，且需要具体查看保险合同条款。

3. 车辆损失险：

   • 车辆损失险主要赔偿被保险车辆自身的损坏，并不涉及停运损失的赔偿。

二、司法实践案例

在多数司法实践中，法院支持保险公司关于停运损失属于免责条款范围的抗辩理由。即使受害方主张停运损失应由保险公司承担，法院也往往判决由侵权人承担赔偿责任。例如，在您提供的参考案例中，法院最终判决由侵权人（即车辆所有人王某乙）承担停运损失的赔偿责任，而非保险公司。

三、特殊情况下的保险公司责任

虽然停运损失费通常不由保险公司承担，但在特定情况下，如保险合同有特别约定或保险公司未充分履行说明提示义务，保险公司也可能需要承担停运损失费。这要求保险公司在订立合同时，必须在投保单、保险单或其他保险凭证上作出明显提示，并以书面或口头形式向投保人明确说明条款内容。如果保险公司无法证明其已履行了充分的说明提示义务，免赔条款可能不生效。

四、停运损失费的承担主体

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，停运损失费通常由侵权人承担。赔偿顺序为：先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额内赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按合同约定赔偿；若仍不足或未投保商业保险，则由侵权人赔偿。

综上所述，运输车停运损失费通常由侵权人（即造成事故的一方）承担，而非保险公司。但在处理相关纠纷时，应详细查阅保险合同条款，并结合法律法规和司法实践进行综合判断。如果保险合同中有特别约定或保险公司未充分履行说明提示义务，保险公司也可能需要承担部分或全部停运损失费。