针对您提出的“程序违法已被拆除的违法建设法院怎么处理”这一问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。
首先，需要明确的是，法院在处理拆除违法建筑案件时，会依据行政机关的拆除程序是否合法、事实认定是否清楚、适用法律是否正确等具体情况进行判决。
一、若行政机关拆除程序合法
如果行政机关在拆除违法建筑前，已经履行了调查、告知当事人权利、作出处罚决定等法定程序，且这些程序都符合法律规定，同时能证明建筑确实违法，那么法院会判决维持行政机关的拆除决定。这是因为，行政机关在依法行使职权的过程中，其拆除行为具有合法性和正当性。
二、若行政机关拆除程序违法
如果行政机关在拆除过程中存在程序违法的情况，比如未依法进行公告、未保障当事人陈述申辩权利等，那么法院可能会判决撤销或部分撤销行政机关的拆除决定，并可要求行政机关重新作出行政行为。这是因为，程序违法会损害当事人的合法权益，法院需要通过判决来纠正这种违法行为。
三、若行政机关拆除行为明显不当
如果行政机关在拆除过程中，拆除手段过度，造成了当事人不必要的损失，那么法院也可能判决撤销或部分撤销拆除决定。这是因为，行政机关在行使职权时，应当遵循比例原则，确保拆除行为与违法建筑的危害程度相适应，避免给当事人造成不必要的损失。
四、若行政机关不具有拆除违法建筑的法定职权
如果行政机关不具有拆除违法建筑的法定职权，属于超越职权进行拆除，那么法院会判决该拆除行为违法。同时，如果违法拆除给当事人造成了损失，当事人可以依法请求赔偿，法院会根据具体损失情况，判决行政机关承担相应赔偿责任。
五、当事人的救济途径
对于当事人来说，如果认为行政机关的拆除行为违法或不当，可以通过以下途径进行救济：
向上级法院上诉：如果当事人对一审法院的判决不服，可以在法定期限内向上级法院提起上诉。
向检察院申请监督：当事人还可以向人民检察院申请监督，请求检察院对法院的判决进行审查。
申请国家赔偿：如果违法拆除给当事人造成了损失，当事人可以依法向行政机关申请国家赔偿。
综上所述，法院在处理拆除违法建筑案件时，会依据具体情况进行判决。如果行政机关的拆除程序合法、事实认定清楚、适用法律正确，法院会维持拆除决定；如果存在程序违法、行为不当或超越职权等情况，法院可能会撤销或部分撤销拆除决定，并要求行政机关承担相应责任。同时，当事人也可以通过上诉、申请监督或申请国家赔偿等途径来维护自己的合法权益。