两家公司合作，通常需要签署以下协议来保障双方权益、明确权责关系：

一、核心合作协议

1. 合作协议/合资协议

   • 内容要点：明确双方的合作目的、合作范围（如技术合作、市场共享、供应链整合等）、出资方式与比例（现金、实物、技术、知识产权等）、利润分配与亏损承担机制、决策权分配（如董事会席位、投票权）、管理架构（如联合管理委员会）及职责分工、合作期限与终止条件、退出机制（如股权回购、资产处置）等。
   • 示例：若A公司以现金出资500万元占股50%，B公司以技术专利作价300万元占股30%，剩余20%由双方共同持有作为激励池，协议需明确分红时间（如每季度末）、亏损分担比例（按股权比例），并约定若一方违约导致合作终止，需向另一方支付违约金（如出资额的20%）。

2. 公司章程（若成立合资公司）

   • 内容要点：规定合资公司的组织架构（如股东会、董事会、监事会的职权与议事规则）、股东权利义务（如知情权、表决权、优先购买权）、公司治理规则（如财务制度、审计机制）等。
   • 注意：章程需与公司法规定一致，且可细化合作协议中的部分内容，但不得冲突。

二、专项协议（根据合作需求选择）

1. 保密协议

   • 内容要点：保护双方的商业秘密（如客户名单、技术方案、财务数据）、敏感信息（如未公开的战略规划），约定保密期限（通常为合作期间及终止后2-5年）、保密义务（如限制复制、传播）、违约责任（如赔偿损失、支付违约金）。
   • 示例：若一方泄露对方客户信息导致损失超过100万元，需赔偿全部损失并支付违约金50万元。

2. 竞业禁止协议

   • 内容要点：限制双方在合作期间及终止后一定期限内（如1-3年），不得从事与合作业务相竞争的活动（如设立同类公司、为竞争对手提供服务），或挖角对方员工、客户。
   • 示例：若一方在合作终止后1年内从事同业竞争，需向另一方支付违约金（如出资额的30%）。

3. 知识产权归属协议

   • 内容要点：明确合作中产生的知识产权（如专利、商标、著作权）的权属（如归双方共有或按贡献比例分配）、使用权限（如独占许可、排他许可）、后续改进成果的归属。
   • 示例：若双方共同研发一项技术，专利申请权归双方共有，任何一方使用需经另一方书面同意。

4. 技术许可/转让协议（若涉及技术合作）

   • 内容要点：约定技术许可的范围（如地域、期限）、使用方式（如独占许可、普通许可）、许可费用（如一次性支付、按销售额提成）、技术改进成果的归属。
   • 示例：若A公司许可B公司使用其专利技术，许可费为每年100万元，且B公司改进技术后需与A公司共享改进成果。

三、配套法律文件

1. 劳动合同（若合作方派驻人员）

   • 内容要点：明确派驻人员的薪酬、绩效考核、解职条件、社保缴纳等劳动关系事项。
   • 示例：若A公司派驻3名技术人员到B公司工作，需签订劳动合同，约定月薪2万元，绩效与项目进度挂钩。

2. 纠纷解决协议

   • 内容要点：约定在发生纠纷时的解决方式（如优先协商，协商不成则提交仲裁或诉讼）、仲裁机构（如中国国际经济贸易仲裁委员会）或管辖法院（如合作方所在地法院）、适用法律（如中国法）。
   • 示例：若双方因利润分配产生纠纷，需先协商30日，协商不成则提交北京仲裁委员会仲裁。

四、注意事项

1. 协议签署顺序：先签核心合作协议，再注册合资公司（如需）并修改章程，最后签署专项协议。
2. 税务合规：非货币出资（如技术、设备）需评估作价并缴纳相应税费（如增值税、企业所得税）。
3. 动态调整：定期（如每年）召开合作方会议，根据公司发展修订协议。

总结：两家公司合作时，基础必备协议为合作协议+公司章程（若成立合资公司）；按需补充协议为保密协议、竞业禁止协议、知识产权归属协议、技术许可协议等；配套文件为劳动合同、纠纷解决协议。建议聘请专业律师审核协议，避免因条款漏洞引发纠纷。如有具体合作场景或条款疑问，可直接向我咨询。