Question

结论前置：

公司无权仅通过起诉来否定已确认的劳动关系：劳动仲裁确认劳动关系后，若公司未在法定期限内起诉，该裁决即具有法律效力。公司后续起诉你否认劳动关系，并不影响之前仲裁裁决的效力。
你可以继续申请工伤认定：在劳动关系已确认的情况下，你完全有权向相关部门申请工伤认定，公司无权阻止。

详细分析：

首先，关于劳动仲裁确认劳动关系后公司的权利问题。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，其裁决具有法律效力。一旦劳动仲裁确认了劳动关系，且公司未在法定期限内（通常是收到裁决书之日起十五日内）向人民法院提起诉讼，那么该裁决就发生了法律效力，公司必须履行。因此，公司现在起诉你否认劳动关系，并不能改变之前仲裁裁决的效力。如果公司确实提起了诉讼，法院将会对案件进行审理，但除非有充分的证据证明仲裁裁决存在错误，否则法院不太可能推翻之前的仲裁裁决。

其次，关于你申请工伤认定的问题。在劳动关系已经得到确认的情况下，你完全有权向当地的社会保险行政部门（通常是人力资源和社会保障局）申请工伤认定。工伤认定是确定你是否因工作原因受到伤害，以及是否应享受工伤保险待遇的重要步骤。公司无权阻止你申请工伤认定，也无权仅通过起诉来否定你的工伤认定申请。如果公司对你的工伤认定申请有异议，它可以在收到工伤认定决定书后依法申请行政复议或提起行政诉讼，但这并不影响你当前申请工伤认定的权利。

法律建议：

你可以继续向当地的社会保险行政部门申请工伤认定，并提交相关证据材料，如劳动关系确认书、医疗证明等。
如果公司对你的工伤认定申请提出异议，并试图通过法律途径阻止你，你可以积极应对，提供充分的证据来支持你的申请。
在整个过程中，你可以寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保护。

可能的法律后果：

如果你的工伤认定申请得到批准，你将有权享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴等。
如果公司继续无理取闹，试图通过法律途径否定你的劳动关系或工伤认定，它可能会面临法律制裁，如被要求支付违约金、赔偿损失等。

最后，我想强调的是，在整个过程中，保持冷静和理性是非常重要的。不要因为公司的无理行为而影响你的情绪和判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。