在合同主体及权利义务转让的情况下，确定被告需依据合同相对性原则及具体转让情形来判断，以下分情况说明：

1. 合同主体明确且未发生变更

   • 若合同主体明确，且未发生合并、分立、转让等变更情形，那么违反合同约定或对原告权利造成侵害的一方即为被告。例如，在买卖合同中，若卖方未按时交付货物，则卖方为被告；若买方未按时支付货款，则买方为被告。

2. 合同主体发生合并或分立

   • 合并情形：若合同主体发生合并，即两个或两个以上的法人或其他组织合并为一个新的法人或其他组织，那么合并后的法人或其他组织应作为被告。因为合并后的主体承继了原主体的权利和义务。
   • 分立情形：若合同主体发生分立，即一个法人或其他组织分立为两个或两个以上的新法人或其他组织，那么分立后的法人或其他组织可能作为共同被告。具体来说，若合同中有约定分立后各主体的责任承担方式，则依约定确定被告；若无约定，则分立后的法人或其他组织对合同权利义务承担连带责任，可列为共同被告。

3. 合同权利义务发生转让

   • 债权转让：若合同中的债权发生转让，即原债权人将合同权利转让给第三人，那么债务人仍应向受让人履行义务。若债务人未履行义务，受让人作为新的债权人有权起诉债务人，此时债务人为被告。
   • 债务承担：若合同中的债务发生承担，即原债务人将合同义务转让给第三人，那么应区分是免责的债务承担还是并存的债务承担。在免责的债务承担中，原债务人退出合同关系，新债务人成为被告；在并存的债务承担中，原债务人和新债务人共同承担债务，可列为共同被告。
   • 合同权利义务一并转让：若合同中的权利和义务一并转让给第三人，那么应视为新合同的成立。若新合同履行过程中发生纠纷，受让人作为新合同的当事人有权起诉或被诉，此时相对方为被告。

4. 存在授权代理关系

   • 若合同是由代理人以被代理人的名义签订的，且构成有效的代理关系，那么被告通常是被代理人。因为代理人签订合同的行为后果应由被代理人承担。
   • 但若构成表见代理，即相对人有理由相信行为人有代理权而与之签订合同，且相对人主张行为人行为构成表见代理并请求被代理人承担合同责任的，人民法院应予支持。此时，被告仍为被代理人。

5. 实际履行人与合同载明主体不一致

   • 若合同是由实际履行人履行，且实际履行人与合同载明主体不一致，那么要综合多因素判断实际履行人是否应列为被告。例如，若双方认可实际履行行为，且实际履行人确实参与了合同的履行，那么实际履行人可能作为共同被告或单独被告。

法律建议：

• 在处理合同主体及权利义务转让的纠纷时，建议首先审查合同文本及相关转让协议，明确各方的权利义务关系。
• 若涉及多方主体或复杂转让情形，建议咨询专业律师进行详细分析，以确保准确确定被告并维护自身合法权益。
• 在诉讼过程中，应充分准备证据材料，包括合同文本、转让协议、履行凭证等，以支持自己的主张。