针对您提出的“非法经营案退赃怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在非法经营案件中，全部退赃是一个重要的从轻情节，它表明犯罪嫌疑人有悔罪表现，对司法机关的处理有着积极的影响。具体来说，退赃的处理会贯穿于整个司法流程，包括侦查阶段、审查起诉阶段和审判阶段。

一、侦查阶段

在侦查阶段，全部退赃可能影响是否对犯罪嫌疑人采取取保候审等强制措施。如果犯罪嫌疑人能够积极退赃，表现出悔罪态度，那么司法机关在考虑强制措施时，可能会倾向于采取更为宽松的措施，如取保候审。

二、审查起诉阶段

进入审查起诉阶段后，检察院会结合全案情况，包括犯罪嫌疑人的退赃表现，来判断是否具有不起诉的条件。如果犯罪情节轻微，且犯罪嫌疑人已经全部退赃，表现出明显的悔罪态度，那么检察院可能会作出不起诉的决定。

三、审判阶段

在审判阶段，法院量刑时会根据《关于常见犯罪的量刑指导意见》，综合考虑犯罪性质、退赃对损害结果的弥补程度等情况。全部退赃的犯罪嫌疑人，在量刑时可能会得到从轻或减轻处罚的待遇。具体来说，法院可能会在原本应有的量刑基础上，减少基准刑的30%以下。但需要注意的是，最终量刑还需结合犯罪的事实、性质、情节和对于社会的危害程度综合判定。

四、特殊情况的处理

如果犯罪情节较轻、涉案金额不大且全部退赃，同时有自首、立功等情节，那么犯罪嫌疑人有可能被不起诉或者免予刑事处罚。然而，如果犯罪情节严重，即便全部退赃，也会依法定罪量刑，只是在量刑时会从轻处罚。

五、退赃的具体操作

在实际操作中，退赃通常需要通过司法机关指定的账户进行，并保留好相关的转账记录和凭证。退赃后，犯罪嫌疑人或其家属应主动与司法机关联系，确认退赃情况，并了解后续的处理流程。

综上所述，非法经营案中的全部退赃是一个重要的从轻情节，对司法机关的处理有着积极的影响。但具体的处理还需结合案件的其他因素综合判定。如果您或您的亲友涉及此类案件，建议尽快咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。