入股第二年退股的计算方式需根据入股协议、公司章程及法律规定综合确定，核心结论如下：

1. 优先依据入股协议或公司章程
   若入股时签订了书面协议（如《入股协议》《股东合作协议》）或公司章程中明确约定了退股规则（如退股条件、价格计算方式、时间限制等），则需严格按约定执行。例如：

   • 协议约定“退股时按原始出资额返还”，则退股金额=原始出资额；
     
   • 协议约定“按退股时公司净资产比例折算”，则需先审计公司净资产，再按持股比例计算退股金额。
     关键点：协议或章程的约定优先于法定规则，但不得违反法律强制性规定（如抽逃出资）。

2. 无约定时，按《公司法》及司法实践处理
   若协议或章程未约定退股规则，则需区分公司类型（有限责任公司/股份有限公司）及退股原因：

   • 有限责任公司：
     
     • 股东协商一致退股：其他股东同意退股的，可签订《股权转让协议》，按协商价格或评估价转让股权；
       
     • 法定退股情形（《公司法》第74条）：
       

          1. 公司连续五年不分配利润且符合分配条件；  
          2. 公司合并、分立、转让主要财产；  
          3. 公司章程规定的营业期限届满或其他解散事由出现，股东会修改章程使公司存续。  
       

       符合上述情形时，股东可要求公司以合理价格回购股权，价格通常需通过协商或司法评估确定。
   • 股份有限公司：
     
     • 股东可依法转让股份（如通过证券交易所交易或协议转让）；
       
     • 若公司章程未限制，退股规则更灵活，但需遵守《公司法》关于股份转让的程序规定。
       

3. 退股程序合法性
   无论何种情况，退股均需履行法定程序，否则可能被认定为无效：

   • 修改公司章程或股东名册（记载股权变更）；
     
   • 办理工商变更登记（对外公示）；
     
   • 涉及国有资产或外资的，需履行审批或备案程序。
     

风险提示：

• 若退股行为被认定为“抽逃出资”（如虚构债权债务、利用关联交易转移资产），股东需承担补足出资、赔偿损失等法律责任；
  
• 退股时未清偿公司债务的，股东可能需在出资范围内对公司债务承担连带责任。
  

建议：退股前务必审查入股协议、公司章程，并与其他股东协商一致；若协商不成，可委托律师通过诉讼或仲裁解决争议。如有具体案例或协议条款需分析，可直接向我咨询。