结论：结合新闻背景及法律规定，中科曙光2025年10月9日召开的第三次临时股东大会审议议案程序合法，表决结果有效。以下从召集程序、表决程序、议案内容合法性三个维度展开分析：

一、召集程序合法性：符合《公司法》及公司章程规定

根据《公司法》第101条及中科曙光公司章程，股东大会由董事会召集，董事长主持。新闻背景显示：

1. 召集主体合法：本次股东大会由公司董事会召集，符合《公司法》第101条“股东大会会议由董事会召集”的规定；
2. 召集程序合规：公司已提前发布《关于召开2025年第三次临时股东大会的通知》，明确会议时间（2025年10月9日14:00）、地点（北京市海淀区中关村软件园36号楼会议室）及审议议案，履行了法定通知义务；
3. 主持人合规：会议由董事历军主持，符合公司章程关于股东大会主持人的规定。

二、表决程序合法性：现场与网络投票结合，表决结果有效

根据《公司法》第103条及《上市公司股东大会规则》，股东大会表决需满足“出席股东所持表决权过半数通过”（普通决议）或“三分之二以上表决权通过”（特别决议）。新闻背景显示：

1. 表决方式合规：会议采用现场与网络投票结合方式，符合《上市公司股东大会规则》第20条“上市公司应提供网络投票方式”的要求；
2. 出席股东资格合法：出席现场会议的股东及代理人共10名，代表股份318,740,421股（占公司有表决权股份总数的21.7967%）；通过网络投票的股东共9,050名，代表股份104,480,449股（占7.1448%），合计代表股份423,220,870股（占28.9415%），符合《公司法》第103条“出席股东所持表决权过半数”的最低要求；
3. 表决结果有效：
   • 特别决议议案《关于取消监事会、修订〈公司章程〉并办理工商变更登记的议案》获同意票421,261,596股，占比99.5370%，超过三分之二表决权，符合《公司法》第103条“特别决议需经出席会议股东所持表决权三分之二以上通过”的规定；
   • 普通决议议案《修订〈股东会议事规则〉〈董事会议事规则〉〈独立董事工作制度〉》均获有效通过，符合“过半数通过”要求。

三、议案内容合法性：取消监事会不违反法律强制性规定

1. 取消监事会的法律空间：根据《公司法》第51条，有限责任公司可设一至二名监事，不设监事会；股份有限公司必须设监事会，但未禁止通过修订章程调整监事会职权或合并监督职能。中科曙光作为股份有限公司，拟通过修订《公司章程》取消监事会，需确保：
   • 替代监督机制合法（如通过独立董事、审计委员会履行监督职能）；
   • 不损害股东特别是中小股东权益（如保障股东查阅权、质询权）。
2. 修订公司治理制度的合法性：修订《股东会议事规则》《董事会议事规则》《独立董事工作制度》属于公司自治范畴，只要不违反《公司法》《证券法》等强制性规定（如独立董事比例、议事程序公开透明），即合法有效。

延伸思考：对上市公司治理的启示

1. 程序合规是股东大会效力的核心：上市公司召集股东大会时，需严格履行通知、召集、表决程序，避免因程序瑕疵导致决议被撤销；
2. 治理结构调整需平衡效率与公平：取消监事会可能提高决策效率，但需建立替代监督机制（如强化独立董事职权），防止“内部人控制”；
3. 中小股东参与权保障：网络投票的普及降低了中小股东参与成本，上市公司应进一步优化投票系统，确保中小股东意见被充分听取。

建议：若您是中科曙光股东或关注公司治理，可重点审查：

1. 修订后的《公司章程》是否明确替代监事会的监督机制；
2. 网络投票系统是否留存完整投票记录（供后续核查）；
3. 决议公告是否完整披露表决结果（包括反对票、弃权票数量）。如有疑问，可直接向我咨询公司法务相关问题。