结论前置：当申请人用价值远大于保全财产的房屋作为担保财产时，可通过以下方式处理：

1. 与法院协商调整担保财产
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，担保财产的价值应当与被保全财产的价值相当。若房屋价值显著高于保全标的，申请人可主动向法院提交书面申请，说明房屋价值与保全金额的差异，请求减少担保财产范围（例如用房屋的部分价值担保，或更换为等值的其他财产）。法院会根据案件具体情况审查，若认为合理，可能准许调整。

2. 提供超额部分的担保价值说明
   若法院不同意减少担保财产，申请人需在担保文件中明确房屋的评估价值，并注明“仅以房屋价值中相当于保全金额的部分作为担保”。例如，若保全金额为100万元，房屋评估价值为500万元，可在担保协议中写明“以房屋价值中100万元部分提供担保”。此举可避免后续因担保财产价值过高引发争议。

3. 选择其他等值担保方式
   若房屋价值过高且调整困难，申请人可考虑提供其他等值担保财产（如存款、车辆、股权等），或通过保险公司出具保函、银行担保函等替代方式。根据《最高人民法院关于人民法院办理财产保全案件若干问题的规定》，担保方式具有灵活性，法院通常会接受等值的其他担保形式。

4. 注意担保财产的处置风险
   若申请人未主动调整担保财产，且后续案件败诉需承担赔偿责任，法院可能直接执行超额部分的房屋价值。因此，建议在提供担保时即与法院沟通，明确担保范围，避免不必要的财产损失。

实务建议：

• 提前委托专业机构对房屋进行评估，确保价值认定准确；
  
• 在担保文件中明确担保范围与金额，避免模糊表述；
  
• 若案件争议较大，可同步准备其他担保方案，提高协商效率。
  

如有具体案件细节或地区差异问题，可进一步向我说明，我会结合实际情况为您细化分析。