企业违规使用财政专项资金的处罚依据主要来源于《财政违法行为处罚处分条例》。以下是对此问题的详细解答：
一、处罚依据
根据《财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）第十四条，企业和个人有下列行为之一的，将受到相应的处罚：
- 以虚报、冒领等手段骗取财政资金：包括政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款。
- 挪用财政资金：同样包括政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款。
- 从无偿使用的财政资金中非法获益：这也涵盖了政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款。
- 其他违反规定使用、骗取财政资金的行为：这是一个兜底条款，涵盖了所有未明确列举但违反规定使用或骗取财政资金的行为。
二、处罚措施
对于上述违规行为，将采取以下处罚措施：
- 责令改正：要求企业立即停止违规行为，并采取措施进行纠正。
- 调整有关会计账目：确保企业的会计账目真实、准确反映财政资金的使用情况。
- 追回违反规定使用、骗取的有关资金：将违规使用或骗取的资金追回，上缴国库。
- 给予警告：对企业进行警告，提醒其遵守财政资金使用规定。
- 没收违法所得：将企业通过违规行为获得的非法利益予以没收。
- 罚款：
- 对被骗取的有关资金，处以被骗取资金10%以上50%以下的罚款。
- 对被违规使用的有关资金，处以被违规使用资金10%以上30%以下的罚款。
- 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员罚款：处以3000元以上5万元以下的罚款。
三、处罚程序
处罚程序通常包括以下几个步骤：
- 立案：审计机关在审计监督中发现或接到举报、控告企业违规使用财政资金的行为后，将进行审查并决定进一步核查和追责。
- 调查：审计机关派出审计组进行调查，指定专人负责，与当事人有直接利害关系的应当回避。审计人员不得少于两人，并允许被审计单位和有关人员申辩和陈述。
- 审查：审计机关审理部门对违法事实、证据、审计程序、法律适用、处罚幅度等进行审核、复核、审理。
- 告知：在做出较大数额审计处罚决定前，审计机关应书面告知被审计单位和有关责任人员有要求举行听证的权力。
- 决定：审计机关根据审核、复核、审理情况，召开审计业务会议审定是否予以审计处罚，并制作审计处罚决定书。
- 送达：审计处罚决定书应及时送达被审计单位和当事人，并自送达之日起生效。
- 执行：依照行政处罚决定书执行，审计机关应在规定时间内检查被审计单位和当事人执行审计处罚决定情况。
四、法律建议
作为企业，应当严格遵守财政资金使用规定，确保资金使用的合法性和合规性。一旦发现违规行为，应立即停止并采取措施进行纠正，以避免受到更严厉的处罚。同时，企业也应加强内部管理，建立健全的财政资金使用制度，防止违规行为的发生。
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