建工合同适用两年诉讼时效的说法并不完全准确，实际上根据现行法律规定，建工合同纠纷的诉讼时效一般为三年。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的法律规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。”这一规定同样适用于建工合同纠纷。因此，在一般情况下，建工合同纠纷的诉讼时效为三年。
二、诉讼时效的起算点
在建工合同纠纷中，诉讼时效的起算点通常是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。例如，如果发包方未按时支付工程款，施工方应从知道或应当知道违约之日起三年内主张权利。
三、诉讼时效的中止、中断和延长
诉讼时效的中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他法定障碍导致无法行使请求权，诉讼时效将中止。当中止时效的原因消除后，再满六个月，诉讼时效期间才届满。
诉讼时效的中断：如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等行为，将导致诉讼时效中断。一旦中断，诉讼时效期间将重新计算。这意味着，如果施工企业在三年内采取了发函催款、协商解决、提起诉讼等任何一项行动，诉讼时效都将重新开始计算。
诉讼时效的延长：虽然一般情况下诉讼时效为三年，且最长不超过二十年，但在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效。这通常适用于那些因特殊情况而无法及时行使权利的情形。
四、特殊情况下的诉讼时效
对于建工合同纠纷中的某些特殊问题，如工程质量缺陷、工期顺延等，诉讼时效的起算点可能有所不同。例如，如果合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。此外，如果工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效则根据工程不同部位的最低保修年限而定。
五、实际操作建议
及时主张权利：一旦发现权利受损，如发包方未按时支付工程款，施工方应及时主张权利，避免超过诉讼时效。
保留证据：在主张权利的过程中，应保留好相关证据，如合同、付款记录、催款函等，以便在诉讼中证明自己的主张。
咨询专业律师：虽然我作为专业律师已经给出了详细的解答，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，建议施工企业在处理建工合同纠纷时，及时咨询专业律师，以便更准确地把握诉讼时效和其他法律问题。
总结来看，建工合同纠纷的诉讼时效一般为三年，但并非一成不变。在实际操作中，应密切关注诉讼时效的起算、中止、中断及可能的延长情况，并及时采取必要措施以保护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。