核心结论：微信写的欠条在钱已还的情况下，可通过与对方确认、留存证据、必要时进行法律确认等方式来清账，以避免后续可能出现的纠纷。以下是具体说明：

1. 与对方确认还款事实

   • 在您已经还款后，最直接的方式是与出具欠条的对方进行沟通，明确告知其款项已还清。可以通过微信再次留言，说明还款的时间、方式（如银行转账、现金交付等）以及还款金额，要求对方确认欠条已失效。例如，您可以发送消息：“[对方姓名]，我在[具体日期]通过[具体方式，如银行转账至XX账号/现金交付给你]的方式，已经将之前你通过微信欠条所借的[具体金额]元全部还清，请你确认一下，该欠条已无任何法律效力。”
   • 如果对方回复确认，那么建议您将此聊天记录进行保存，作为还款且欠条失效的证据。

2. 留存还款证据

   • 无论采用何种还款方式，都要确保留存好相关的还款证据。如果是银行转账，要保存好转账记录，包括转账时间、转账金额、对方账号等信息；如果是现金交付，最好让对方出具收条，或者在交付现金时进行录音录像，记录下交付的过程和金额。
   • 这些证据在后续如果发生关于欠条是否还清的争议时，将起到至关重要的作用，能够证明您已经履行了还款义务。

3. 必要时进行法律确认

   • 如果您担心未来可能会出现关于该欠条的纠纷，或者对方不配合确认还款事实，您可以考虑与对方签订一份书面的还款协议。在协议中明确写明欠条的相关信息（如欠条出具时间、金额等）、还款的时间和方式，以及双方确认欠条已因还款而失效等内容。
   • 签订还款协议时，最好有第三方见证人在场，或者对协议进行公证，以增强其法律效力。这样，即使未来发生纠纷，您也有充分的证据来维护自己的合法权益。