计算机信息系统刑事案件主要包括以下几类：
非法侵入计算机信息系统罪
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十五条第一款，违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，将构成此罪，处三年以下有期徒刑或者拘役。这通常涉及未经授权访问高度敏感或受保护的计算机系统。
非法获取计算机信息系统数据、非法控制计算机信息系统罪
- 同样依据《中华人民共和国刑法》第二百八十五条第二款，违反国家规定，侵入前款规定以外的计算机信息系统或者采用其他技术手段，获取该计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据，或者对该计算机信息系统实施非法控制，且情节严重的，将构成此罪。处罚包括三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。这涵盖了未经授权的数据窃取和系统控制行为。
提供侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具罪
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十五条第三款，提供专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具，或者明知他人实施此类违法犯罪行为而为其提供程序、工具，且情节严重的，将依照前款规定处罚。这涉及开发、分发或协助使用恶意软件的行为。
破坏计算机信息系统罪
- 依据《中华人民共和国刑法》第二百八十六条，违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，且后果严重的，将构成此罪。处罚包括五年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处五年以上有期徒刑。这包括了对系统功能的恶意破坏行为。
- 同时，该条款也涵盖了对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，以及故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行，且后果严重的行为。
违反治安管理处罚法的相关行为
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十九条，违反国家规定，侵入计算机信息系统造成危害，或者对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰造成不能正常运行，或者对计算机信息系统中存储、处理、传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加，以及故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序影响计算机信息系统正常运行的，将受到五日以下拘留；情节较重的，处五日以上十日以下拘留。这些行为虽然可能未达到刑事犯罪的严重程度，但仍将受到行政处罚。
在处理计算机信息系统刑事案件时，还需注意以下几点：
- 立案标准：对于非法获取计算机信息系统数据或者非法控制计算机信息系统等行为，有明确的“情节严重”和“情节特别严重”的认定标准，如获取的身份认证信息数量、非法控制的计算机信息系统数量、违法所得或造成经济损失的金额等。
- 专门程序、工具的认定：对于提供侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具，有明确的认定标准，包括具有避开或者突破计算机信息系统安全保护措施的功能等。
- 破坏后果的认定：对于破坏计算机信息系统功能、数据或者应用程序的行为，也有明确的“后果严重”的认定标准，如造成计算机信息系统的主要软件或者硬件不能正常运行的计算机数量、对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据进行删除、修改、增加操作的数量、违法所得或造成经济损失的金额等。
在处理此类案件时，应详细分析案件事实，准确适用法律条款，确保案件的公正处理。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。