针对您提出的“工厂租赁后被法院拍卖怎么办”的问题，这是一个涉及租赁权保护、法律程序以及协商沟通等多方面的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、确认租赁关系的有效性

首先，您需要仔细审查租赁合同，确认其是否在工厂被抵押、查封或拍卖之前已经合法成立并生效。如果租赁合同在相关法律程序启动前已经有效存在，并且您已经按照合同约定支付了租金，且实际占有了该工厂，那么您的租赁权是受到法律保护的。

二、依据“买卖不破租赁”原则主张权利

根据“买卖不破租赁”的法律原则，即使工厂的所有权发生了变更，原租赁合同对新的所有权人仍然具有约束力。这意味着，在租赁期限内，您有权继续使用该工厂，新的所有权人不能无故要求您腾退。

三、了解拍卖情况并提出异议

1. 及时了解拍卖进程：您应主动向法院及相关执行部门了解拍卖的具体情况，包括拍卖时间、地点、买受人信息等。
2. 提出执行异议：如果您对拍卖程序、拍卖价格等存在异议，可以依法向法院提出执行异议，要求法院对相关问题进行审查处理。

四、与相关方沟通协商

1. 与申请执行人沟通：尝试与申请执行人进行沟通，说明您的情况和困难，争取其理解和支持。
2. 与买受人协商：如果可能的话，与买受人进行协商，看是否能够达成妥善的解决方案。例如，协商由买受人继续履行原租赁合同，或者给予您合理的搬迁期限及相应补偿。

五、寻求法律专业帮助

1. 咨询律师：在处理此类复杂法律问题时，建议您咨询专业律师的意见。律师可以为您提供法律上的指导和建议，帮助您更好地维护自己的权益。
2. 准备证据材料：在协商或诉讼过程中，您需要准备充分的证据材料来支持自己的主张。这包括租赁合同、租金支付凭证、工厂使用状况等。

六、考虑法律途径解决争议

如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来解决争议。例如，向人民法院提起诉讼，要求法院根据具体情况作出公正裁决。在诉讼过程中，您需要遵循法律程序，提供充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，面对工厂租赁后被法院拍卖的情况，您应首先确认租赁关系的有效性，然后依据“买卖不破租赁”原则主张权利，同时了解拍卖情况并提出异议。在协商无果的情况下，您可以寻求法律专业帮助并通过法律途径来解决争议。希望这些建议能够对您有所帮助。