行政协议无效给行政相对人产生的损失，提起行政赔偿的诉讼时效一般为三年，但具体情形需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、行政协议无效与诉讼时效的基本关系

行政协议无效的确认并不直接适用诉讼时效制度。诉讼时效主要适用于请求保护民事权利的情形，而行政协议的效力问题属于行政行为合法性的范畴，通常通过行政诉讼或行政复议等法定程序来解决。不过，在涉及行政协议相关赔偿争议时，会涉及诉讼时效的适用。

二、行政赔偿诉讼时效的具体规定

1. 一般规定：

   • 当行政协议被确认无效后，因协议无效给行政相对人造成损失的，受损方有权要求责任方承担赔偿责任。此时，就可能涉及到诉讼时效的适用问题。
   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，一般按照民事诉讼中关于侵权损害赔偿诉讼时效的规定执行，即诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

2. 特殊情形下的诉讼时效：

   • 单独提起行政赔偿诉讼：赔偿请求人单独提起行政赔偿诉讼，应当在向赔偿义务机关递交赔偿申请后的两个月届满之日起三个月内提出。但这一规定主要针对的是赔偿申请的提出时间，而非直接针对赔偿诉讼的时效。不过，在实际操作中，赔偿请求人应尽早提出赔偿申请，以避免超过诉讼时效。
   • 在行政诉讼中一并提出赔偿请求：赔偿请求人在提起行政诉讼时一并提出行政赔偿请求的，其起诉期限按照行政诉讼起诉期限的规定执行。行政诉讼的起诉期限一般是自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。但这一规定主要针对的是行政诉讼的起诉期限，而非直接针对赔偿请求的时效。不过，由于赔偿请求是在行政诉讼中一并提出，因此也需遵循行政诉讼的起诉期限规定。
   • 不知道行政行为内容的情形：公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该行政行为内容之日起计算，但最长不得超过行政行为作出之日起五年。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。这一规定虽然主要针对的是行政诉讼的起诉期限，但在涉及行政赔偿时，也可能对赔偿诉讼的时效产生影响。

三、实际操作中的建议

1. 尽早主张权利：在知道自身权益受损及责任主体之日起，行政相对人应尽早向人民法院提起诉讼要求赔偿，以避免因长时间拖延而导致证据灭失、法律关系复杂化等问题。
2. 咨询专业律师：由于行政协议无效及行政赔偿诉讼涉及复杂的法律问题，行政相对人在提起诉讼前，最好咨询专业律师，以确保诉讼策略的合理性和有效性。

举例说明：假设某企业与政府签订了一份行政协议，后因协议无效导致企业遭受经济损失。企业在知道自身权益受损及责任主体之日起三年内，可以向人民法院提起诉讼要求赔偿。如果企业超过三年未提起诉讼，且没有法定中止或中断诉讼时效的情形，那么企业可能将失去通过法律途径获得赔偿的机会。

综上所述，行政协议无效给行政相对人产生的损失，提起行政赔偿的诉讼时效一般为三年。但具体情形需结合实际情况判断，行政相对人在遇到此类问题时，应及时咨询专业律师并尽早主张权利。如果您还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。