针对您提出的“父亲有案底已去世是否可以进军工研究所”的问题，这主要涉及到政审环节对于家庭成员政治情况的考察。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确政审的基本内容和考察范围。政审主要是为了了解入伍或入职人员的基本情况，包括个人现实表现、家庭成员政治情况等。在家庭成员方面，主要考察的是父母、未婚的兄弟姐妹等直系亲属的政治情况。

接下来，针对您父亲的情况，虽然他已经去世，但政审环节可能会关注到您父亲生前的政治表现和是否有过违法犯罪记录。根据一般的政审标准，如果家庭成员中有危害国家安全、受到刑事处罚或被侦查起诉审判的情况，以及有组织参加非法组织或与邪教、黑社会有关的行为，那么政审可能会受到影响。

然而，具体到您父亲的情况，如果他的案底并非涉及政治立场或危害国家安全的犯罪，而是其他类型的违法犯罪行为，并且这一情况已经过去多年，且您本人在政治立场、现实表现等方面均符合要求，那么理论上您进入军工研究所的政审环节可能不会受到直接影响。但需要注意的是，不同单位、不同岗位对于政审的要求可能存在差异，具体还需根据目标单位的招聘公告和政审标准来确定。

此外，我还想提醒您的是，政审环节是一个综合考量的过程，除了家庭成员的政治情况外，还会考察您本人的现实表现、学历背景、专业技能等多方面因素。因此，即使您父亲的情况对政审没有直接影响，您也需要在其他方面做好充分准备，以提升自己的竞争力。

综上所述，虽然您父亲有案底且已去世，但具体是否会影响您进入军工研究所还需根据目标单位的政审标准和招聘公告来确定。建议您在申请前仔细了解目标单位的招聘要求和政审标准，并做好充分准备。