虚开一两千元发票被查，可能面临行政处罚，情节严重构成犯罪的，还将承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票（包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或让他人为自己开具与实际业务情况不符的发票）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   即使虚开金额仅一两千元，仍可能被处以5万元以下罚款，具体金额由税务机关根据违法情节（如次数、主观故意等）裁量。

2. 刑事责任层面
   根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票以外的其他发票，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   “情节严重”的认定标准包括虚开发票金额、份数、违法所得等。虽然一两千元金额较低，但若存在多次虚开、利用虚开发票骗取其他利益（如报销、逃税）等情节，仍可能被认定为“情节严重”，从而构成犯罪。

3. 其他后果

• 信用惩戒：虚开发票行为可能被纳入税务信用记录，影响个人或企业的纳税信用等级。
  
• 补缴税款及滞纳金：若虚开发票涉及偷逃税款，需补缴税款并加收滞纳金。
  
• 行业限制：企业因虚开发票被处罚后，可能面临限制参与政府采购、招投标等后果。

建议：若已被税务机关调查，应积极配合并提供真实业务材料，争取从轻或减轻处罚；若尚未被查，应立即停止虚开行为，主动纠正并补缴税款。如有具体案件细节，可直接向我咨询进一步处理方案。