违反药品管理法研制新药的处罚，主要依据《中华人民共和国药品管理法》及相关法规进行，具体处罚措施根据违法行为的性质和严重程度而定。以下是对此问题的详细分析：

一、未按规定报送研制资料及样品的处罚

根据《中华人民共和国药品管理法》第二十九条，研制新药必须按照国务院药品监督管理部门的规定如实报送研制方法、质量指标、药理及毒理试验结果等有关资料和样品，经批准后方可进行临床试验。若违反此规定：

• 对承担药物临床试验的机构：若擅自进行临床试验，将依照《药品管理法》的相关规定给予处罚，可能包括警告、责令限期改正，逾期不改正的，责令停产、停业整顿，并处五千元以上二万元以下的罚款；情节严重的，吊销药物临床试验机构的资格。
• 对药品申报者：若在申报临床试验时，报送虚假研制方法、质量标准、药理及毒理试验结果等有关资料和样品，国务院药品监督管理部门将对该申报药品的临床试验不予批准，并对药品申报者给予警告；情节严重的，3年内不受理该药品申报者申报该品种的临床试验申请。

二、生产、销售、使用假药或劣药的处罚

虽然直接针对的是生产、销售、使用环节，但若研制的新药在后续环节被认定为假药或劣药，也将面临严厉处罚：

• 生产、销售假药：根据《药品管理法》，生产、销售假药的，没收违法所得和违法生产的药品，责令停产停业整顿，吊销药品批准证明文件，并处违法生产、销售的药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。情节严重的，吊销药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构制剂许可证，十年内不受理其相应申请；药品上市许可持有人为境外企业的，十年内禁止其药品进口。若致人死亡或者有其他特别严重情节的，还将面临刑事处罚。
• 生产、销售劣药：生产、销售劣药的，没收违法所得和违法生产的药品，并处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。情节严重的，责令停产停业整顿直至吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构制剂许可证。若对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，还将面临刑事处罚。

三、未取得药品相关批准证明文件生产、进口药品的处罚

若研制的新药未取得药品相关批准证明文件即进行生产或进口，也将面临处罚：

• 根据《药品管理法》，未取得药品批准证明文件生产、进口药品的，没收违法生产、进口的药品和违法所得以及专门用于违法生产的原料、辅料、包装材料和生产设备，责令停产停业整顿，并处违法生产、进口的药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。情节严重的，吊销药品批准证明文件直至吊销药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构制剂许可证，对法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入百分之三十以上三倍以下的罚款，十年直至终身禁止从事药品生产经营活动，并可以由公安机关处五日以上十五日以下的拘留。

四、法律建议

• 严格遵守法规：在研制新药过程中，务必严格遵守《药品管理法》及相关法规，确保所有研制活动合法合规。
• 完善资料报送：如实报送研制方法、质量指标、药理及毒理试验结果等有关资料和样品，确保资料的真实性和完整性。
• 及时咨询专业意见：在研制新药过程中，若遇到法律问题或不确定如何操作，应及时咨询专业律师或药品监管部门，以避免违法风险。

如有任何关于药品管理法或相关法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。