行政机关在特定情况下是可以进行调解的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条的规定，人民法院审理行政案件，一般不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。这一规定为行政机关进行调解提供了明确的法律依据。
二、可调解的行政案件类型
行政赔偿案件：
- 当行政行为给公民、法人或其他组织的合法权益造成损害时，行政机关应依法给予赔偿。在行政赔偿案件中，双方可就赔偿数额、方式等进行协商并达成调解协议。例如，因行政机关的违法执法行为导致公民财产损失，双方可通过调解确定赔偿金额和支付方式。
行政补偿案件：
- 因公共利益需要，行政机关依法对公民、法人或其他组织的财产进行征收、征用等，应给予合理补偿。在行政补偿案件中，双方可就补偿标准、范围等进行协商并达成调解协议。比如，政府因建设公共设施需要征收土地，与土地使用者就补偿金额和安置方式进行调解。
涉及自由裁量权的案件：
- 行政机关在法律、法规规定的范围和幅度内，有权自主决定行政行为的种类、方式和程度。对于此类案件，若存在调解空间，双方可通过协商达成调解协议。例如，在行政处罚案件中，行政机关可在法定处罚种类和幅度内，根据违法情节轻重等因素，与当事人协商确定具体的处罚内容。
三、不可调解的行政案件类型
羁束行政行为引发的案件：
- 羁束行政行为是指行政机关必须严格按照法律规定实施的行政行为，没有自由裁量的余地。如税务机关征税行为，必须严格依照税法规定进行，不存在调解的可能性。
违反法律强制性规定的案件：
- 若行政行为明显违反法律强制性规定，或损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，则不能通过调解解决。例如，行政机关违法批准建设污染项目，损害公共利益，此类案件不能通过调解解决。
四、调解的程序与效力
调解程序：
- 调解需经双方当事人同意，并在法院或行政机关的主持下进行。调解过程应遵循法定程序，确保双方当事人的合法权益得到充分保障。例如，行政机关在调解前应告知当事人调解的权利和义务，调解过程中应记录当事人的陈述和意见。
调解效力：
- 调解达成协议后，应制作调解书并经双方当事人签收后具有法律效力。若一方不履行调解协议，另一方可以申请强制执行。这确保了调解结果的落实和执行。
五、实际案例与操作建议
在实际操作中，行政机关进行调解时，应确保调解的自愿性和合法性。例如，在调解前应充分告知当事人调解的程序和后果，确保当事人是在充分了解的基础上作出同意调解的决定。同时，调解内容应合法合规，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
总结来看，行政机关在特定情况下是可以进行调解的，但必须严格遵循法律规定和原则。如果您在行政调解过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。