核心结论：做了协商还款后，逾期划扣的钱一般可通过与金融机构沟通、依据协商条款处理或通过法律途径解决，具体如下：

1. 与金融机构沟通协商
   首先，您需要立即联系划扣款项的金融机构（如银行、网贷平台等），明确告知对方您已达成协商还款方案，并要求其停止进一步的划扣行为。根据《民法典》合同编相关规定，若双方已就还款计划达成一致，金融机构单方面划扣款项可能构成违约。您可要求对方退还已划扣的款项，或将其抵扣后续协商还款中的本金/利息。
   操作建议：保留协商还款的书面协议（如邮件、短信、录音等），作为沟通时的证据。

2. 依据协商条款处理
   若协商还款协议中明确约定了“逾期划扣款项的处理方式”（如抵扣本金、免除部分利息等），则直接按协议执行。例如，部分协议会规定“已划扣款项视为对协商方案的履行，后续按新计划还款”，此时您无需额外操作。
   注意点：若协议未明确约定，需主动与金融机构补充协议，避免后续纠纷。

3. 通过法律途径解决
   若金融机构拒绝退还划扣款项，或划扣行为超出协商范围（如划扣金额远超约定），您可依据《民法典》第577条（违约责任）向法院起诉，要求返还多扣款项并赔偿损失。此外，若划扣行为涉嫌违规（如未提前通知、划扣非绑定账户），可向当地银保监会或金融监管局投诉。
   证据准备：协商还款协议、划扣记录、沟通记录等。

温馨提示：协商还款期间，建议您定期核对账户流水，确保每笔划扣均符合协议约定。若遇到复杂情况（如金融机构拒不配合、划扣金额争议大），可直接向我咨询，我会结合具体协议条款和法律规定，为您制定解决方案。